Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.7% | 3329.7 / NA | 957 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (592/361); minor base A (1/2); total (593/364) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 957 total aligned reads displayed.
AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑T‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATT > NZ_CP025268/581068‑581335 | cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTc > 1:7876475/1‑140 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGCTCCCGGGCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:6523646/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:10914722/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:11011169/140‑1 (MQ=255) 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> 1:7349772/1‑129 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATta > 1:1812315/1‑131 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 1:5256631/1‑140 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 1:5623720/1‑140 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 2:9396836/1‑140 (MQ=255) tCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTAc > 2:5926678/1‑140 (MQ=255) 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1:3924421/1‑140 (MQ=255) gAACATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCGTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaaa > 2:5541218/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga > 2:3718851/1‑94 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTga < 1:3718851/94‑1 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGcc > 2:1286436/1‑112 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:6976033/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:1480133/1‑140 (MQ=255) 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2:8264480/5‑140 (MQ=255) | AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑T‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATT > NZ_CP025268/581068‑581335 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |