Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 630,861 | C→T | S640F (TCC→TTC) | cstA → | pyruvate/proton symporter CstA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 630,861 | 0 | C | T | 99.6% | 2793.1 / NA | 717 | S640F (TCC→TTC) | cstA | pyruvate/proton symporter CstA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (350/363); minor base A (2/1); total (352/365) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 718 total aligned reads displayed.
GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 | gACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTca > 1:2715436/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:1112002/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 2:1907029/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:7314455/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 2:8129034/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCGGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTCTACGGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 2:7026987/1‑140 (MQ=255) ccGCAGGCGGGCAGAAAGCGTGGAGCCCGGAAGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCACTGCTACGACGTTCCCGCCAATGATCGACAGCGCCAATATTCCGTCGCAGTAGACTGAGTCCCAGCTGGCGCAACTGGTGTTcacc < 2:6677431/140‑3 (MQ=255) cGCAGGCTGGCAGAAAGCTTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaaca < 1:4148952/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCaacaac < 1:4941325/140‑1 (MQ=255) ggCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATAGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCg > 2:3207786/1‑140 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2:11440991/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGACAGTCGGCTTCCTGGCCATGGCTAATACCTTCCAGGCAATGCTCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACACCCGTCTGGAGGCCGGGTTAACCAt < 1:6468544/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:6380608/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:1750755/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:4037696/140‑1 (MQ=255) aTGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtcttc > 2:2382415/1‑140 (MQ=255) tGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtcttct < 1:8802951/140‑1 (MQ=255) gAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTa > 1:948190/1‑140 (MQ=255) aaaGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACCGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAt > 2:2201872/1‑140 (MQ=255) aGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtgg < 1:8543062/140‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATggtggt < 1:2207019/140‑1 (MQ=255) ccggCCATCGCTAAGACGTTCCAGGCACTGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCATCTGGTGCTCAACAACCGTATTGATGCCGGGTTAACCATCCTCTTTCTGGTGGTCgtggt < 2:5490514/138‑1 (MQ=255) ccggCCAATGCTCCTAAGTTCCAGGCAATGAGCGACAGCGGCAATATTCCTTCGCAGTAGACATAGTCACAGCTGGCGCAACTGGACTGCAACTACCGTCTGCCTGCCGGCTTAACCATCTTCCTGATGGCGGTCgaggt < 2:5027494/138‑1 (MQ=255) cTGGCCTTTGCTAATTAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTTGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 2:10259371/140‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 1:6981507/140‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 1:10282624/140‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 1:2856208/140‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtggt < 1:6236715/140‑1 (MQ=255) cATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTc < 2:10000509/140‑1 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTCTACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTgg > 2:4228763/1‑140 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCgtg > 1:7771276/1‑130 (MQ=255) tGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTgg > 2:5968458/1‑140 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:610255/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 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2:4758281/1‑140 (MQ=255) gTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCga > 1:5720430/1‑140 (MQ=255) gTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCga > 1:2396287/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 1:1639102/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 1:1224878/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 1:10030335/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 2:10716218/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 2:5774085/1‑140 (MQ=255) cacaGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaa > 1:2319430/1‑140 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa > 1:2065457/1‑81 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:2065457/81‑1 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaaga > 2:6205365/1‑140 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaaga < 2:1040538/140‑1 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaaga > 1:9150298/1‑140 (MQ=255) caGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCgaaaga > 1:373452/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAAc < 2:8990611/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg < 1:3163616/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg < 2:3022755/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg < 1:3473469/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg < 1:5913443/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGAGGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAGGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACg < 1:7874660/140‑1 (MQ=255) gcgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGcc < 2:5332276/140‑1 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 2:737253/1‑140 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 1:3337891/1‑140 (MQ=255) cAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTa < 1:10851360/140‑1 (MQ=255) aCTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATg > 2:8369429/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAAc < 2:9600403/140‑1 (MQ=255) tgtTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGTCGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGACTGAAACGCCGTATGAACCa > 1:7475549/1‑140 (MQ=255) | GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |