Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,219,333 | G→A | intergenic (‑230/+27) | iraM ← / ← CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0% | 175.0 / NA | 46 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (19/27); total (19/27) |
TAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTC > NZ_CP025268/1219198‑1219466 | taaatTAATTAAAATGTTGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACAtt > 1:2948973/1‑140 (MQ=255) ataattaaAATGATGGCGTATATAAAATAAAATTTCAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCaaa < 1:9074283/139‑1 (MQ=255) attaaAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGa < 1:6344842/140‑1 (MQ=255) aaTGGATGATAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGATTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCa < 1:8733978/140‑1 (MQ=255) tGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTCTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGc > 1:7953151/1‑140 (MQ=255) tGTTAAACAAAATGAGATTTTGAGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACAAAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTAGc > 1:7953155/1‑140 (MQ=255) gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 1:7373050/1‑140 (MQ=255) ttAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTa > 1:3153022/1‑140 (MQ=255) ttAAACAAAATGAGATTTTGAGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTa < 1:11340777/140‑1 (MQ=255) aCAATATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACa < 2:4120484/140‑1 (MQ=255) aCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACa < 2:4120292/140‑1 (MQ=255) aCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACa < 2:4120489/140‑1 (MQ=255) aCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACa < 1:9068863/140‑1 (MQ=255) aCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACa < 1:10141643/140‑1 (MQ=255) gaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 1:8774172/140‑1 (MQ=255) gaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 1:1192012/140‑1 (MQ=255) aGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtatat > 2:10490941/1‑140 (MQ=255) cAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTATAGCGATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAACACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATaa < 2:8850387/140‑1 (MQ=255) ttGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATaataat < 1:7468738/140‑1 (MQ=255) ttGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATaataat > 1:2203589/1‑140 (MQ=255) tGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTTTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAAAGATAATAATg > 2:8186168/1‑140 (MQ=255) ttCGTTTTAGATTTTTTTAGCTATAATGTTATACATTCATATGAATGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAata < 2:7953154/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTTAGATTTGTCTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAata < 2:7953150/140‑1 (MQ=255) tCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAatat > 2:7569945/1‑140 (MQ=255) cGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa > 1:9663628/1‑37 (MQ=255) cGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa < 2:9663627/37‑1 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt < 2:4589540/73‑1 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt < 2:4589528/73‑1 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt < 2:9704416/73‑1 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt > 1:4589528/1‑73 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt > 1:4589540/1‑73 (MQ=255) aTTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt > 1:9704417/1‑73 (MQ=255) tttGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCATGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatgaca < 2:2948973/140‑1 (MQ=255) gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGt > 2:9635140/1‑96 (MQ=255) gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGt < 1:9635141/96‑1 (MQ=255) gTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatgacatga > 2:4847543/1‑140 (MQ=255) gCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATa < 1:4847543/140‑1 (MQ=255) taATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGt > 2:4194398/1‑140 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTa > 2:2061157/1‑74 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTa < 1:2061157/74‑1 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGtt > 2:11017427/1‑86 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGtt < 1:11017428/86‑1 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGt < 2:11111983/85‑1 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGt > 1:11111984/1‑85 (MQ=255) aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGttt < 1:4194398/140‑1 (MQ=255) tGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTc < 2:10320230/140‑1 (MQ=255) | TAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTC > NZ_CP025268/1219198‑1219466 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |