| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 150,778 | C→T | A3T (GCT→ACT) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 150,778 | 0 | C | T | 99.9% | 8621.0 / NA | 2204 | A3T (GCT→ACT) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (1544/655); minor base G (2/1); total (1547/657) | |||||||||||
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Only 100 of 2204 total aligned reads displayed.
AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 | aaaGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCt > 2:20717/1‑140 (MQ=255) cATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTAATACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttt > 1:1261187/1‑140 (MQ=255) gAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACTGTGCTAAAAAAAGTATGTACCTGTCGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCt > 2:6481776/1‑140 (MQ=255) gggCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTa < 2:5484673/140‑1 (MQ=255) 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1:11172170/1‑140 (MQ=255) aaTGTACCTGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGa > 1:3454942/1‑140 (MQ=255) aCCTGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAt > 1:9672485/1‑140 (MQ=255) aCCTGAAGATAGTCTACATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAt > 2:7111628/1‑140 (MQ=255) agAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCTTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAtttt < 2:9001828/139‑1 (MQ=255) aaGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCgt < 2:1110468/71‑1 (MQ=255) tAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTAGGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAt > 2:9669607/1‑140 (MQ=255) | AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |