| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,459,111 | A→C | G122G (GGA→GGC) | paaA → | 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,459,111 | 0 | A | C | 99.8% | 2253.7 / NA | 645 | G122G (GGA→GGC) | paaA | 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (414/230); minor base G (1/0); total (415/230) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 660 total aligned reads displayed.
TGTATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCATGG > NZ_CP025268/1458975‑1459247 | gTATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGc < 1:2138134/140‑1 (MQ=255) tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggctggct > 1:10003487/1‑140 (MQ=255) tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggctggct > 1:4754267/1‑140 (MQ=255) tATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACAAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGAACTTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCggctggct > 1:6460953/1‑140 (MQ=255) ctctATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCtggt < 1:3863228/140‑1 (MQ=255) ctATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCtggtgg > 1:4290941/1‑140 (MQ=255) taGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCCGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATg > 2:6765269/1‑140 (MQ=255) taGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATg > 1:8644085/1‑140 (MQ=255) taGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATg > 1:6946176/1‑140 (MQ=255) gcgcCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGACGACATCGACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTGTACGTATCCGACAGTGTGTTGGGCTGATAGCGGTGTTCTCGGCTGGCTGGTGGATGgc > 2:9051980/1‑140 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gacggacgGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGc > 1:4550907/1‑140 (MQ=255) acggaTGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCagag < 2:351859/140‑1 (MQ=255) atatTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGa > 2:957815/1‑140 (MQ=255) ttCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCGGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGaaaa > 1:6166920/1‑140 (MQ=255) tcctccATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAAt < 2:8320171/140‑1 (MQ=255) tcctccATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAAt < 2:1330359/140‑1 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atatCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGttg > 1:7103415/1‑139 (MQ=255) atatCGGTGTTATAGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGTTGGCGTTATGCCGAACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATTGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCAACAGCGTCAGGGGtgt > 2:6398357/1‑138 (MQ=255) atCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGa < 2:1970328/140‑1 (MQ=255) tCGGTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGaa < 1:11379526/140‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGGGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc > 1:6077478/1‑140 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc > 2:3801796/1‑140 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc > 1:2759674/1‑140 (MQ=255) ggTGTTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGc < 1:4947909/140‑1 (MQ=255) gtTATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTg > 1:835367/1‑140 (MQ=255) tATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCCAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCa > 2:7259343/1‑140 (MQ=255) tATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCa < 2:4267976/140‑1 (MQ=255) tATCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCa > 2:10043214/1‑140 (MQ=255) aTCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAt < 1:6370634/140‑1 (MQ=255) aTCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCAt > 2:4046347/1‑140 (MQ=255) tCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCACAGAAGAGAGTGTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCGTGCagg > 2:7512731/1‑138 (MQ=255) tCGGCTGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCATg > 2:983678/1‑140 (MQ=255) | TGTATCTCTATAGCGCCGCCGAAACACTGGGCTGCGCCAGAGAAGACATCTACCAAAAAATGCTCGACGGACGGATGAAATATTCCTCCATCTTTAATTATCCGACATTGAGTTGGGCTGATATCGGTGTTATCGGATGGCTGGTGGATGGCGCAGCGATCGTCAATCAGGTGGCGTTATGCCGCACTTCTTATGGCCCGTATGCCAGAGCAATGGTGAAAATCTGCAAAGAAGAGAGTTTTCACCAGCGTCAGGGGTTTGAAGCCTGCATGG > NZ_CP025268/1458975‑1459247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |