| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,626,362 | A→G | N71D (AAC→GAC) | ydeE → | efflux MFS transporter YdeE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,626,362 | 0 | A | G | 99.7% | 2024.8 / NA | 594 | N71D (AAC→GAC) | ydeE | efflux MFS transporter YdeE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (323/268); minor base T (0/2); total (324/270) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 599 total aligned reads displayed.
CTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCGT > NZ_CP025268/1626225‑1626498 | cTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTcgac < 1:6390180/140‑1 (MQ=255) cGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAg < 1:5741392/140‑1 (MQ=255) cGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAg < 1:4779129/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:7914136/140‑1 (MQ=255) tGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGaaa < 2:4914852/140‑1 (MQ=255) tGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGaaa > 1:2354198/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg < 1:10005494/140‑1 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg > 2:6833015/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg > 2:3302428/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg > 2:1691051/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg < 1:712761/140‑1 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg > 1:2689108/1‑140 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCGGAGTGTCGATCTCATCGGTGATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTGAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg < 2:2604390/140‑1 (MQ=255) aTTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGAGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCt < 2:1792304/140‑1 (MQ=255) tATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCtata > 2:7214861/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCTTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCATGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:9146330/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTATCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 1:4320984/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:2987757/1‑140 (MQ=255) tatACTTGAGTCGACAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGAAGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACTAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:3730268/3‑140 (MQ=255) tACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTCTTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGc > 2:10252431/1‑140 (MQ=255) aGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTAc > 2:8384182/1‑140 (MQ=255) 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2:1884947/140‑5 (MQ=255) gtTTTTTGCGTCGGTTTTGGTATACTGGCGGATTAGGTCGCCAAGATAGGCGTTATGTTACTGGCAATTACCGGCTGCGCCAGCGGTTGTATTGCCATTACTTTAGTGAATTGCGTGAGGGTGGTTGGGCTGGTTTTTgg > 2:8884372/1‑139 (MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTCTCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTGTTATTGCCATTACTTTAGTGAAAAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 2:5619808/1‑140 (MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTTGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 2:2759844/1‑140 (MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTa > 2:8264548/1‑105 (MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 2:9888976/1‑140 (MQ=255) gtTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 1:9213769/1‑140 (MQ=255) gattttAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAAAGCTATATTTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGc > 2:4278515/3‑140 (MQ=255) tttttAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATTAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCAAGCGGTTTTATTGCGATTACTTTAGTGAATAACGTGTCGCTGGTTTTGCTCTTTTTTGcc < 1:1577608/140‑1 (MQ=255) tAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCa < 2:9631032/140‑1 (MQ=255) tAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCa < 1:9498859/140‑1 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGGTGAGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 2:5893689/1‑140 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATAAGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 1:6142688/1‑140 (MQ=255) ggTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTg < 2:3522331/140‑1 (MQ=255) ttGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGcc < 2:8715128/140‑1 (MQ=255) tCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCt > 1:8905859/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCt < 1:10148403/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGt > 1:10860774/1‑140 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt < 1:3487324/140‑1 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt > 1:10531785/1‑140 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTATTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt < 2:6477412/140‑1 (MQ=255) ggATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTg > 1:1127304/1‑140 (MQ=255) aaGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTAc < 1:8761530/140‑1 (MQ=255) | CTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCGT > NZ_CP025268/1626225‑1626498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |