| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,804,700 | C→T | K39K (AAG→AAA) | rpmI ← | 50S ribosomal protein L35 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,804,700 | 0 | C | T | 99.3% | 2039.5 / NA | 540 | K39K (AAG→AAA) | rpmI | 50S ribosomal protein L35 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (358/177); minor base G (4/0); total (362/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 540 total aligned reads displayed.
TATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804566‑1804835 | tgtgCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCg < 1:9427091/140‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCg < 1:11450102/140‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCCTGTATATATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGATTATGCGTACGGCAGGCAAGCGATTACCAGGCACAGATCGCCTTTGGAATCCATGGCTTTCGTACGAAGGTGACGTTTACGATTGGTCg < 2:675726/140‑1 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTATAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGTAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttg > 2:8284264/1‑139 (MQ=255) 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2:7845126/1‑140 (MQ=255) gCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTgg < 2:8622454/140‑1 (MQ=255) ggACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCAtttt > 1:4311760/1‑140 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaataa > 2:4338811/1‑140 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaataa > 1:9764454/1‑140 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaataa > 1:5303592/1‑140 (MQ=255) gTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACtt < 2:3447541/140‑1 (MQ=255) cGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCAc > 1:9040660/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAgcg < 2:7637202/85‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCTGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCAACTTCg > 2:10848886/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 2:9512076/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCAGTTTAATAACTTCCACTTCg > 1:7490095/1‑140 (MQ=255) | TATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGG‑TTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804566‑1804835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |