| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,173,732 | T→C | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 ← | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,173,732 | 0 | T | C | 99.9% | 3019.5 / NA | 859 | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
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Only 100 of 860 total aligned reads displayed.
TACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATG > NZ_CP025268/2173595‑2173868 | ttCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTacac > 2:144950/1‑140 (MQ=255) tCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACAcc > 1:5732990/1‑140 (MQ=255) tCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACAcc < 1:1710331/140‑1 (MQ=255) ggCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGTGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGAGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGta > 1:441642/1‑140 (MQ=255) 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ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 1:2926685/1‑140 (MQ=255) ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTATCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 2:2060727/1‑140 (MQ=255) atATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTATACCCGCGACTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAAAAATGTCAATTTGTTCGATTGGTAGTACATGATTAAAACcg > 1:11483085/2‑140 (MQ=255) tATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgc < 2:10011575/140‑1 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:6782982/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg < 2:5269008/140‑1 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 1:536912/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:1018576/1‑140 (MQ=255) ggCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACgg > 2:1587338/1‑140 (MQ=255) cATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa > 1:8626932/1‑109 (MQ=255) aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTa > 1:8017241/1‑140 (MQ=255) aGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAtt > 1:4941984/1‑140 (MQ=255) gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAttt > 2:8245382/1‑140 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa > 2:3154448/1‑99 (MQ=255) aaTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt > 2:6365822/1‑140 (MQ=255) | TACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATG > NZ_CP025268/2173595‑2173868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |