| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,186,072 | T→C | L314L (TTA→CTA) *249* (TAA→TAG) |
yegV → yegW ← |
carbohydrate kinase family protein GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,186,072 | 0 | T | C | 99.8% | 2228.9 / NA | 637 | L314L (TTA→CTA) *249* (TAA→TAG) | yegV yegW | carbohydrate kinase family protein GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (311/325); total (311/326) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 638 total aligned reads displayed.
GCGACAGTCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAATTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAAATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGAC > NZ_CP025268/2185935‑2186207 | gcgACAGTCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTa > 2:3647257/1‑140 (MQ=255) cgACAGTCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTAc < 1:8695321/140‑1 (MQ=255) cAGTCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTActcc > 2:5739973/1‑140 (MQ=255) tCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTCCTCCTCg > 2:400579/1‑140 (MQ=255) tCATGCCGGTGGCGTACTCGCCGCGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAAGGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCACCGCGCGAGGAACTACTCCTCg < 2:9954203/140‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTNGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGca < 1:6109593/140‑1 (MQ=255) tGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACGGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGcac > 2:7338736/1‑140 (MQ=255) cGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGcacaca < 1:1758332/140‑1 (MQ=255) cGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGcacaca < 1:5733917/140‑1 (MQ=255) gTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaa > 2:2774742/1‑140 (MQ=255) gTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaa < 2:2018726/140‑1 (MQ=255) gTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaa < 1:7839660/140‑1 (MQ=255) gTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaa < 1:5848249/140‑1 (MQ=255) tGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaaa < 1:10301303/140‑1 (MQ=255) tGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaaa < 1:8312205/140‑1 (MQ=255) tGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACaaaa < 1:7155202/140‑1 (MQ=255) acgtGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATGACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGtat < 1:6731207/137‑1 (MQ=255) ttGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGtatag < 1:4969282/140‑2 (MQ=255) gCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGAt < 1:9097115/140‑1 (MQ=255) gCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGAt > 1:4245950/1‑140 (MQ=255) cGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCg > 2:6691510/1‑140 (MQ=255) gggCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGc < 2:11189843/140‑1 (MQ=255) ggCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGGACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGa < 1:11097679/140‑1 (MQ=255) gCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGAc > 2:2900920/1‑140 (MQ=255) gCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGACGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGAc > 2:5813117/1‑140 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTTCTGTGCAATGCTGTGGCGTCGTGTGTTGTCGGGCATCGGGTAGTTGATTGTGCGCCAACGATCTATGAACTACTCCTAGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:688365/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 2:11070278/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:8544/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:8028456/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:5209491/140‑1 (MQ=255) tGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTgg > 1:10679873/1‑140 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 1:1090072/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 1:357748/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 2:6994347/140‑1 (MQ=255) tCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTa < 1:10461031/140‑1 (MQ=255) tGCCACTGGCGGATGCCGTATTAATGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGAGCCAGTGGCTAAt > 2:1640002/1‑140 (MQ=255) gCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATg < 1:5527682/140‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATg > 1:5095633/1‑140 (MQ=255) gCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATg < 1:10798653/140‑1 (MQ=255) gCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATg < 2:7714333/140‑1 (MQ=255) ccACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGc > 1:9521948/1‑140 (MQ=255) ccACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGc > 1:1360682/1‑140 (MQ=255) cACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCt < 1:5375333/140‑1 (MQ=255) tGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTa < 2:6554016/140‑1 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aaTGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGt < 1:4033795/140‑1 (MQ=255) aTGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTc > 1:9782828/1‑140 (MQ=255) aTGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTc > 2:4619418/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCCTCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:8668745/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:5146996/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 1:5607476/1‑140 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tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCActtgct > 2:10340169/1‑140 (MQ=255) tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCActtgct < 1:2381460/140‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCActtgct < 1:1969362/140‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCActtgct < 1:9271562/140‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCActtgct < 2:10512458/140‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTCGGTCAAGCGCCActtgct < 2:2300565/140‑1 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ttGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTa < 1:3077467/140‑1 (MQ=255) tgtgCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTAt < 2:6332079/140‑1 (MQ=255) gtgCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATc > 1:1543597/1‑140 (MQ=255) ggcgcCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCt < 2:1450067/139‑1 (MQ=255) cgcCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTaa < 2:39246/140‑1 (MQ=255) ccAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACt < 2:2386291/140‑1 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GCGACAGTCATGCCGGTGGCGTACTTGCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAATTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAAATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGAC > NZ_CP025268/2185935‑2186207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |