Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,457,300 | T→C | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU ← | fimbrial usher protein YfcU |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,457,300 | 0 | T | C | 99.7% | 3155.8 / NA | 901 | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU | fimbrial usher protein YfcU |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 901 total aligned reads displayed.
GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT > NZ_CP025268/2457163‑2457436 | gTGCCGAGGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGGTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTa > 2:7002938/1‑140 (MQ=255) tGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTAc < 1:1791179/140‑1 (MQ=255) gCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa < 2:1641707/140‑1 (MQ=255) ccGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACAt > 1:6743096/1‑140 (MQ=255) 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cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc > 1:11217552/1‑140 (MQ=255) cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCACATATTACGAATGCTGcc < 2:11199892/140‑1 (MQ=255) tGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGccc > 1:3242574/1‑140 (MQ=255) gCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCa < 1:5052022/140‑1 (MQ=255) tAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATAtt > 1:3398752/1‑140 (MQ=255) cgatagaGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCGTATCCGCCCGGTTCGCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATCTTACGACTCCTGCCCATATGGAAATAg > 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tataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAACTCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTgg < 2:4781365/140‑1 (MQ=255) tataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTgg > 2:2031264/1‑140 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 2:7592323/140‑1 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 1:11001004/140‑1 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 2:4235157/140‑1 (MQ=255) cTACCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGagag < 2:8807140/140‑1 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cTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgtt > 1:9203467/1‑140 (MQ=255) gttgtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgttgt < 1:6905374/140‑1 (MQ=255) tgtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAg < 2:3754686/140‑1 (MQ=255) gtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACCTGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCGCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATCGTGGGAGAGCCTGATGTTGTAGt > 1:2352610/1‑140 (MQ=255) gtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGt < 2:2293551/140‑1 (MQ=255) gtCGCCCCAAGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCAAGATGTTGTAGt > 2:2967933/1‑140 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(MQ=255) gAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGAt < 1:1179451/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc < 2:2523174/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 2:6262108/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:8936634/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:3698386/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:10670697/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc < 1:10222388/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 2:9754993/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCAGATTACGAATGCTGCCCATGTTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 2:4394259/1‑140 (MQ=255) gCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCAGGATGGTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATcg > 2:8038216/1‑139 (MQ=255) aaaTCTACATGCCCTGATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAg < 2:2711011/140‑1 (MQ=255) | GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT > NZ_CP025268/2457163‑2457436 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |