Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,710,506 | T→C | S215G (AGC→GGC) | lepA ← | translation elongation factor 4 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,710,506 | 0 | T | C | 99.7% | 2279.6 / NA | 659 | S215G (AGC→GGC) | lepA | translation elongation factor 4 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (371/286); minor base A (0/2); total (371/288) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 659 total aligned reads displayed.
ACATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710369‑2710642 | acaTACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGCAGATGCCCAGACGGTCGGCGTGATAGGTCATCACGGTACTCATGACTTTCACTGTGTCGCCCTTACGCTGGGTGCCGt > 2:6070441/1‑140 (MQ=255) caTACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCATTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGACCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtt > 2:5715313/1‑140 (MQ=255) tACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtttt > 2:1181312/1‑140 (MQ=255) tACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGGTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGtttt < 2:8443926/140‑1 (MQ=255) gAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTaa > 2:4218216/1‑140 (MQ=255) agccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAAt < 1:6510945/140‑1 (MQ=255) ccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATAc > 2:10853130/1‑140 (MQ=255) ccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATAc > 1:8117822/1‑140 (MQ=255) agccTCCTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:10305201/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:834323/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:4291429/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:7605481/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:1356403/140‑1 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 1:3678601/1‑140 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 1:3149145/1‑140 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 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ccACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaac > 1:161315/1‑140 (MQ=255) cacaTTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaaca > 1:10728938/1‑140 (MQ=255) acaTTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGATGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaacaa < 2:357501/140‑1 (MQ=255) acaTTTCAGTACAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaacaa < 1:11153786/140‑1 (MQ=255) ttcagttcagTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGcc < 1:6732382/140‑1 (MQ=255) tcagatccgcGCCGTCACCCTGTCTCGGCCTGAAGCTCCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTATCACTTTGTCGCACGTACTCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGccc < 2:7086534/140‑1 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1:5606158/140‑1 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTCGTTg > 2:6310251/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGtgg > 1:10891321/1‑138 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:5521371/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:3817031/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 2:8012409/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:149310/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:4765028/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 2:758466/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGGTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 2:8849305/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCAAGACGTTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAAAGCCCAGGTAGTTg > 2:6426120/1‑140 (MQ=255) cGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTc < 1:6041219/140‑1 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2:2632853/1‑140 (MQ=255) cTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATg < 2:1443653/140‑1 (MQ=255) gTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAg < 1:7547127/140‑1 (MQ=255) ttCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTc < 2:10020568/140‑1 (MQ=255) tCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCg > 1:2358721/1‑140 (MQ=255) cGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATaa > 1:11108461/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAAt > 1:1985843/1‑140 (MQ=255) tttCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTcgc > 2:8704668/1‑140 (MQ=255) tttCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTcgc > 1:5397687/1‑140 (MQ=255) tttCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTcgc > 1:3452816/1‑140 (MQ=255) cTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCAcc < 1:271585/140‑1 (MQ=255) cTTTGACGCCCTAACGAAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCATCCGGATCTCCATCCGGCGGCGGAATGTCGCGCAcc > 2:6631004/1‑140 (MQ=255) ttGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAg < 1:4021195/140‑1 (MQ=255) ttGTCGCCCTGACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAg < 2:9311318/140‑1 (MQ=255) tggTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTGGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAg < 2:5888995/138‑1 (MQ=255) tGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGa > 1:11422443/1‑140 (MQ=255) tCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACg > 1:10116259/1‑140 (MQ=255) tCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACg > 1:4864605/1‑140 (MQ=255) tCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACg > 1:5926923/1‑140 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 2:5403031/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 2:3696713/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCCGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 2:4864023/140‑1 (MQ=255) gCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACg < 1:4559493/140‑1 (MQ=255) gCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACg < 1:1869564/140‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTc < 2:2429552/140‑1 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:7013507/1‑140 (MQ=255) gTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTg < 1:5119446/140‑1 (MQ=255) tGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGTACGTCCTGc > 1:6282480/1‑140 (MQ=255) | ACATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710369‑2710642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |