Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,846,593 | T→C | *157* (TAA→TAG) | hycI ← | hydrogenase maturation peptidase HycI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,846,593 | 0 | T | C | 99.7% | 2018.5 / NA | 580 | *157* (TAA→TAG) | hycI | hydrogenase maturation peptidase HycI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (356/222); minor base A (2/0); total (358/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
GAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAATTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCTGAATGC > NZ_CP025268/2846457‑2846729 | gaccGCCTTAGCCGGACCACATGTACCACTAACCATGAAGGCCCGCTAAGCGCAGAGCATCGGGAAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCAACACCAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTAc < 2:11182618/137‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTcttctt < 1:10983551/140‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTcttctt < 2:6827648/140‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTcc > 1:5537641/1‑140 (MQ=255) aTCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTcc < 1:698584/140‑1 (MQ=255) cTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTa > 2:433709/1‑140 (MQ=255) tACATGGCGCACGACCCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTaa < 1:2659831/140‑1 (MQ=255) cGCACGAACCTTGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCAGCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCGGTCCTGTTTCCTTATTGACTAACTCCTCTGCTTCCTCCGCTAACGGcgcg > 2:9130245/1‑140 (MQ=255) cGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGcgcg > 2:3355082/1‑140 (MQ=255) cGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGcgcg > 1:7279723/1‑140 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gATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCa < 2:7339087/140‑1 (MQ=255) cgcagcgcaTCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTc > 1:10092586/1‑140 (MQ=255) cgcagcgcaTCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTc > 1:5271195/1‑140 (MQ=255) cgcagcgcaTCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCACTGTCCTGAGTCCTTAATGAAAATCTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTc > 1:3402927/1‑140 (MQ=255) cgcagcgcaTCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTGCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTc > 2:5713599/1‑140 (MQ=255) gcgcaTCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGt < 2:9248659/140‑1 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cccTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTaaaa > 1:3188166/1‑140 (MQ=255) cccTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCAGCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTaaaa > 1:1220907/1‑140 (MQ=255) cccTGACCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTACCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAATCGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCAGCGGGTAGGaaaa > 2:10657025/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCcg > 1:8981028/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTACACCGCAAACAGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTATAATCGGCTGGGTCATCTGGTAGTAAAAGCcg > 2:11047920/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCcga < 2:2427683/140‑1 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2:9638660/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGata > 1:11127077/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGata > 1:2862294/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGata > 1:6802642/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGACGACGata > 2:8352780/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCATTCCCAGCCTTCCAGTCGTTTATAAACGGTTTATACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGata > 1:10663266/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGAGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGata > 2:2059959/1‑140 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc > 1:187334/1‑140 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc < 2:5547773/140‑1 (MQ=255) tCCTTAATGAAAAACTACGCTTCTTCCACCGCTAACGGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGTTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATc < 1:9736666/140‑1 (MQ=255) ttAATGAACAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCCTTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTCGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 2:7922976/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAAATCTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATGTCCTTCCCAGCGTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTATACCGCATCTTTAATCGTCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 2:2625810/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCg < 2:4422818/91‑1 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 2:2216316/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCgg > 1:11316484/1‑140 (MQ=255) tAATGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGc > 2:1160035/1‑140 (MQ=255) aaTGAAAAACTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCt > 1:8756214/1‑140 (MQ=255) | GAACGCCTTATCCGGCCTACATGTCGCACGAACCATGAAGGCCCGATAAGCGCAGCGCATCGGGCAATTTAGCATTTGGCATCAGAGCTGGTTCACCCCATCAAGAACATCCCTGTCCTGATTCCTTAATGAAAAATTACTCTTCTTCCACCGCTAACTGCGCGAAGCCGCCATTTCCTTCCCAGCCTTCCAGTCGTTGATAAACGGTTTCTACCGCATCTTTAATCGGCTGGGTCATCGGGTAGTAAAAGCCGACGATATCCGGCTGAATGC > NZ_CP025268/2846457‑2846729 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |