| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,917,410 | T→C | S17P (TCG→CCG) | barA → | two‑component sensor histidine kinase BarA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,917,410 | 0 | T | C | 99.1% | 2232.8 / NA | 642 | S17P (TCG→CCG) | barA | two‑component sensor histidine kinase BarA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (365/271); minor base A (3/3); total (368/274) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 645 total aligned reads displayed.
GTGCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCATCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGAGCCT > NZ_CP025268/2917274‑2917546 | gtGCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGa > 2:2648433/1‑140 (MQ=255) gCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGAcc < 2:8517080/140‑1 (MQ=255) gCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGAcc < 1:9985726/140‑1 (MQ=255) gCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGAcc < 2:5471347/140‑1 (MQ=255) gCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGAcc < 2:71853/140‑1 (MQ=255) cgtcgtTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCaccgaccg < 2:4734926/140‑1 (MQ=255) ttttGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGACCTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCtt > 2:576617/1‑140 (MQ=255) ttttGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCtt > 1:8355261/1‑140 (MQ=255) ttGCATAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTATAAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCCTAACGGTACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCTTGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTAt < 2:3009173/140‑1 (MQ=255) ttGCAGAGTCGAATTGCGCCATGGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTAt < 1:7115798/140‑1 (MQ=255) ttGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTAt < 1:7450570/140‑1 (MQ=255) ttGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTAt < 2:9482204/140‑1 (MQ=255) ttGCAGAGTAGAATTGCGCCATGGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGGGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTAt < 1:9771314/140‑1 (MQ=255) cAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTgg > 1:5607132/1‑140 (MQ=255) gagTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGtt < 1:8554951/140‑1 (MQ=255) agTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGttt > 1:1705848/1‑140 (MQ=255) tAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTAt > 1:1396653/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTg < 1:7035432/140‑1 (MQ=255) cgcCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGt > 1:8004373/1‑140 (MQ=255) cgcCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGt > 2:485441/1‑140 (MQ=255) cgcCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGt > 2:4117172/1‑140 (MQ=255) cgcCATTGGCGAGACGTTCTCAATTAAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGt < 2:6677322/140‑1 (MQ=255) ccATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTa < 2:6384339/129‑1 (MQ=255) ccATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTAt > 1:824199/1‑140 (MQ=255) ttGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCtt > 1:9562731/1‑140 (MQ=255) ttGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCtt > 1:6776610/1‑140 (MQ=255) ttGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGAGTGACCTAAATTGTCCCAAAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCAGCGCGCACGAATGATGATTATCAACCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGATGAGTATCtt > 2:4324207/1‑140 (MQ=255) aCTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTtcgtcg > 2:2111290/1‑140 (MQ=255) tttCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTTTCTTTTTCGTCGTg > 2:7620864/1‑140 (MQ=255) tttCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTg < 2:4011055/140‑1 (MQ=255) tttCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTg > 1:2187160/1‑140 (MQ=255) ttCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGc < 1:1489945/140‑1 (MQ=255) ctcAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCAt < 1:3059332/140‑1 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tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCTACTACAGCCTGCGCGCACGCATGAGGAGTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTAGGGCTGAGTCTCTTTGTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 2:11169138/1‑140 (MQ=255) tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 2:3097587/1‑140 (MQ=255) tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 2:9603727/1‑140 (MQ=255) tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 1:1925633/1‑140 (MQ=255) tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 1:5258418/1‑140 (MQ=255) tgACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTg > 1:2854864/1‑140 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(MQ=255) tGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGc > 2:5121367/1‑140 (MQ=255) tGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGc > 2:9008360/1‑140 (MQ=255) ccTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGa < 1:11452762/140‑1 (MQ=255) ccTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTGTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGa < 1:10557099/140‑1 (MQ=255) cTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGAg > 2:3777153/1‑140 (MQ=255) tGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGAGc < 2:9251498/140‑1 (MQ=255) ggCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGAGcc > 2:1429841/1‑140 (MQ=255) ggCACCGACCGTCCTGATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTCTAACGACTTGCAGCGTCACCTGGAAGATGCAGGGGCCAGCATTATTGAGCCGCGTGCAGGTTCTAGTGCATTGGGCATGAGcc > 2:2875062/1‑140 (MQ=255) gCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGaa < 1:4107567/126‑1 (MQ=255) | GTGCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCATCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCTATAACGACTTGCAGCGTCAACTGGAAGATGCCGGTGCCAGCATTATTGAGCCGCTTGCAGTTTCTACTGAATATGGCATGAGCCT > NZ_CP025268/2917274‑2917546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |