Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,038,677 | T→C | *578* (TAA→TAG) | recJ ← | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,038,677 | 0 | T | C | 99.8% | 2036.1 / NA | 585 | *578* (TAA→TAG) | recJ | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (317/266); minor base A (0/1); total (318/267) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 585 total aligned reads displayed.
CCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038541‑3038813 | cGTGAGGTCCTGTTTGCGATTTTTTACCGGATTAATTTGAATCATGGTCTGTTTTCTTTTATTTAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGATCTTTTTTATAGAGAAGATGTCGCTaaa < 2:8527433/140‑1 (MQ=255) cGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTaaa < 2:7595568/140‑1 (MQ=255) gTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAAt < 2:1463608/140‑1 (MQ=255) ctcacctCCTGACAGCGATGATTTACCCGATTACAGTCAACCCCGGTCTGATTTCTTTTCTTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATAGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATCGAGAAGATGACGCTAAAt < 2:10803502/134‑1 (MQ=255) ggTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGc < 1:8708763/140‑1 (MQ=255) tCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCa > 1:10994676/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAg > 1:8946270/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGAGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTATTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTCAATTGGCCAg > 2:4809446/1‑140 (MQ=255) cTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGa > 2:339699/1‑140 (MQ=255) tGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTg > 1:5102229/1‑140 (MQ=255) gagATTATTTACCGTATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTATTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCTGTGATAAGAGCGGGATTGTACACAATCCACGCTCTTTTTTAGAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGt < 2:2462172/138‑1 (MQ=255) gCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGt < 2:634681/140‑1 (MQ=255) cGATTATTTACCGGATTAATTTCAATCATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTc > 1:2384749/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAATCATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTATATTGGCCAGATATTGTCg > 2:9477392/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTGCCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCg > 2:4547991/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCg > 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tattTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCgatg < 1:6459528/140‑1 (MQ=255) attTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCgatga < 1:9517660/140‑1 (MQ=255) tACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATaa > 2:8565018/1‑140 (MQ=255) cGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAAttt > 1:1577960/1‑140 (MQ=255) ggATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTg < 2:2099644/140‑1 (MQ=255) gATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGc > 1:8829854/1‑140 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cAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATaa < 2:6153149/140‑1 (MQ=255) cAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATaa < 2:6909065/140‑1 (MQ=255) aaaTGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGc < 1:4282344/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGcc > 1:3137699/1‑140 (MQ=255) aTGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCa > 1:5936196/1‑140 (MQ=255) tGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAg > 1:2505397/1‑140 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cACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCag < 1:9376988/140‑1 (MQ=255) cACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCag < 2:374411/140‑1 (MQ=255) aCGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCaga > 2:5204864/1‑140 (MQ=255) aCGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCaga > 1:7492515/1‑140 (MQ=255) gCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAgg < 2:9021946/140‑1 (MQ=255) gCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAgg < 1:1834998/140‑1 (MQ=255) ctTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCg < 1:10547690/140‑1 (MQ=255) tttttATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGt > 2:506964/1‑140 (MQ=255) tttATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTAt > 1:6992110/1‑140 (MQ=255) ttATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATc < 1:11359756/140‑1 (MQ=255) tataGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCg < 1:10123859/140‑1 (MQ=255) agtagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGCCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGGTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:2818780/137‑1 (MQ=255) agcagaTGACGCTAAATAGGCCAGATATTGTCGATGATCATTTGCAGTCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTGGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACGTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:7727259/137‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 1:4407641/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 2:8272223/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 2:1786131/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:7122568/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 2:5983726/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:10684662/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATACGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 1:6210815/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAATCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:2286928/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTGTCGACATTaa > 2:11012783/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:5296030/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:1195161/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:1979751/1‑140 (MQ=255) agagGACGCTACATTGGCCAGATATTGTCGATTATACTTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGATTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaaa < 2:10491239/140‑1 (MQ=255) aTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCTAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAg < 1:1377975/140‑1 (MQ=255) gACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCa > 1:476794/1‑140 (MQ=255) | CCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038541‑3038813 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |