| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,179,025 | A→G | I38T (ATC→ACC) | cpdA ← | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,179,025 | 0 | A | G | 99.8% | 2133.3 / NA | 609 | I38T (ATC→ACC) | cpdA | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (228/380); minor base T (1/0); total (229/380) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 637 total aligned reads displayed.
AACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACG > NZ_CP025268/3178888‑3179161 | aaCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTg > 1:1009996/1‑140 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTACCTCTCCCAGgtgt < 1:1573210/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:8029673/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:4276043/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 1:8044872/140‑1 (MQ=255) aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 1:1312828/140‑1 (MQ=255) cTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGtt < 1:19435/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:6423570/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:3440774/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:10593731/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 1:7130260/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 1:5016941/140‑1 (MQ=255) ctGCCTTCAGCGAACTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcccc < 1:6861855/139‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACa < 2:9810739/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg < 1:6601260/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg < 2:5988816/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg < 2:490419/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg < 2:3694725/140‑1 (MQ=255) cGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCt < 1:10943150/140‑1 (MQ=255) aaTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCg < 2:2473232/140‑1 (MQ=255) aTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGt > 1:5822138/1‑140 (MQ=255) aTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGt > 2:2136638/1‑140 (MQ=255) cTGATAGGCCGCTGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt < 2:2925278/140‑1 (MQ=255) cTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt < 1:7873496/140‑1 (MQ=255) tGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtt > 2:679100/1‑140 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 2:5805541/140‑1 (MQ=255) ccGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa < 1:10509028/140‑1 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1:85543/140‑1 (MQ=255) ttGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAg > 1:4212746/1‑140 (MQ=255) tagATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGAGCTGGTGAGGCCGAATCGCCACCAGCACCGCCAGGTAACTCTCCCAGGTGATTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGagag > 1:9858780/3‑140 (MQ=255) tGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgt > 1:4696341/1‑140 (MQ=255) tGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgt < 1:7337267/140‑1 (MQ=255) gATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTACCTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgtg < 2:10383533/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCg < 2:7661256/140‑1 (MQ=255) cTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCgg > 1:10665944/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 1:7490760/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 1:5493742/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 1:2878078/1‑140 (MQ=255) gcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAAt < 1:2017170/140‑1 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aaTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGc < 1:11480763/140‑1 (MQ=255) aaTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGc < 2:5543915/140‑1 (MQ=255) aTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCt > 1:9451686/1‑140 (MQ=255) tCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCtt > 1:4242800/1‑140 (MQ=255) aGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTACCAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAATTg < 2:2684157/140‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATg < 1:3142838/140‑1 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cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGTTTAACAGGATTTCCAAATGGTGTCCtt < 1:6489898/140‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCtt < 1:9678060/140‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCGGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCtt < 2:3309422/140‑1 (MQ=255) gTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAgg > 1:5665163/1‑140 (MQ=255) gTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAgg > 2:7309875/1‑140 (MQ=255) ctcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCac < 1:2116781/140‑1 (MQ=255) ctcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCac > 2:9425215/1‑140 (MQ=255) ctcCCAGGTGTTTACCCCAAACACGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCac < 2:7200859/140‑1 (MQ=255) tcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGc < 1:8963145/112‑1 (MQ=255) tcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacg > 1:8312943/1‑140 (MQ=255) ccAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacgac < 1:253806/140‑1 (MQ=255) | AACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACG > NZ_CP025268/3178888‑3179161 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |