Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,791,274 | A→G | C244R (TGC→CGC) | waaH ← | UDP‑glucuronate:LPS(HepIII) glycosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,791,274 | 0 | A | G | 99.7% | 2413.8 / NA | 688 | C244R (TGC→CGC) | waaH | UDP‑glucuronate:LPS(HepIII) glycosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (108/578); minor base T (0/2); total (108/580) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 696 total aligned reads displayed.
CCGTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAACAT > NZ_CP025268/3791137‑3791409 | ccttGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCACACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATATTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGt < 2:6265253/138‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGt < 1:5715874/140‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGt < 1:10877232/140‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGt < 2:5182482/140‑1 (MQ=255) 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tttGTCTGCATAATTTCGATTTAATTTCTCGATCTGGCGGGTATTCTTTATTTAGTGACTTTGATATTTATGGTTTTTATTCACTTTTATATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCTGTTAATATTTATATTATGAtt < 2:8734743/140‑1 (MQ=255) tttGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGAtt < 2:693386/140‑1 (MQ=255) tttGGCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAAGATAGGGACGTTGATAATTCAGGTTTTGCGTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGAtt < 2:6514967/140‑1 (MQ=255) tGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGc < 1:4293488/140‑1 (MQ=255) gTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCt < 1:708219/140‑1 (MQ=255) tCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTc < 2:2022235/140‑1 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2:2324256/140‑1 (MQ=255) aaTTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAg > 2:3175605/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCCAGCAGGCGGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTcc > 1:122670/1‑60 (MQ=255) gcaggcggGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAAc < 1:863972/140‑1 (MQ=255) | CCGTTGGCGGGTAAGAATATCCGGCTCTTTGCGCACCGCATGGCAAACACGCAATGCCTCGTAAGTTATTTGCTGATGAAATTCCGGATAAATCATAATTTTGTCGGCATAATTTCGATTTAATTTCTCCAGCAGGCAGGTAATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAACAT > NZ_CP025268/3791137‑3791409 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |