| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,922,869 | T→C | *80* (TAA→TAG) | atpE ← | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,922,869 | 0 | T | C | 99.9% | 2703.6 / NA | 772 | *80* (TAA→TAG) | atpE | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (378/393); minor base A (1/0); total (379/393) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 775 total aligned reads displayed.
ATACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTATTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTCCAG > NZ_CP025268/3922732‑3923003 | aTACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCttacta > 2:261631/1‑140 (MQ=255) tACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTtactac > 2:2880587/1‑140 (MQ=255) aCTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGAc < 2:7810801/140‑1 (MQ=255) ttCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAg > 1:6231723/1‑140 (MQ=255) ttCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCGTACTACGCGACAg > 2:1242977/1‑140 (MQ=255) ctcccgcacagaccGAACACGCCAAACGCGAAGGCCGGGCCGAGGATTGTTGCGATAAGAGTCACCGCACAATGCCTCTATTTAGTAAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:7984483/133‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGATCGAACAGGACATTCGCGATGGCCTGGCCGAGGTTTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCATCGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:7197146/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:5685178/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:5996942/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:9790096/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:629519/140‑1 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATCTTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 2:6598569/1‑140 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACa < 2:9103618/135‑1 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 1:5676565/1‑140 (MQ=255) gCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAAc < 2:1619064/140‑1 (MQ=255) gCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAAc > 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gaacgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTa < 1:3007967/140‑1 (MQ=255) aacgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAc < 1:6717631/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc < 1:2222164/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc > 1:4224077/1‑140 (MQ=255) acAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc < 1:6858743/140‑1 (MQ=255) aCGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCTGACCTAc > 1:11153294/1‑140 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ccGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGa < 1:2877861/140‑1 (MQ=255) ccGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGa < 2:5542527/140‑1 (MQ=255) gAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATa < 2:2109528/140‑1 (MQ=255) aGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAg < 2:4906839/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGc < 2:370511/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGc < 1:764330/140‑1 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ttCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATaa < 1:10639604/140‑1 (MQ=255) ttCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATaa < 1:8699127/140‑1 (MQ=255) cacaGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa > 2:2232305/1‑78 (MQ=255) cacaATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATaaa > 1:7290881/1‑140 (MQ=255) caATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGa < 1:4425179/140‑1 (MQ=255) caATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGa > 1:3416498/1‑140 (MQ=255) 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aaaGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTgcg < 1:1080017/140‑1 (MQ=255) aGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCCTCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGAGCAGGTTGACGCGCTGCGcc > 2:7482218/1‑140 (MQ=255) aGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGcc > 2:10718110/1‑140 (MQ=255) gCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCt < 2:5116740/140‑1 (MQ=255) cAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCtt > 2:8918958/1‑140 (MQ=255) aCGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGACTCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTcc > 2:8505331/1‑140 (MQ=255) aCGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTcc > 2:3200428/1‑140 (MQ=255) aCGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTcc < 2:10587504/140‑1 (MQ=255) aCGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTcc > 1:10141035/1‑140 (MQ=255) cGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTCCa > 2:393986/1‑140 (MQ=255) | ATACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTATTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTCCAG > NZ_CP025268/3922732‑3923003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |