| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,965,748 | T→C | H134R (CAC→CGC) | gppA ← | guanosine‑5'‑triphosphate,3'‑diphosphate diphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,965,748 | 0 | T | C | 99.9% | 2631.9 / NA | 751 | H134R (CAC→CGC) | gppA | guanosine‑5'‑triphosphate,3'‑diphosphate diphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (455/295); minor base A (0/1); total (455/296) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 751 total aligned reads displayed.
TGCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGTGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCAAG > NZ_CP025268/3965613‑3965884 | tGCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTg < 1:1351041/140‑1 (MQ=255) ccccAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGAt > 1:8302242/1‑140 (MQ=255) cccAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATc < 2:10996806/140‑1 (MQ=255) aGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCNGGCGCTGATCGGc < 1:9853090/140‑1 (MQ=255) aGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 2:583065/140‑1 (MQ=255) aGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 1:10025747/140‑1 (MQ=255) aGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 2:1774522/140‑1 (MQ=255) aGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGc < 1:5091187/140‑1 (MQ=255) cGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCaccacc > 1:8119213/1‑140 (MQ=255) gCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAgtggt > 2:6906628/1‑140 (MQ=255) gCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAgtggt > 1:467705/1‑140 (MQ=255) gCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAgtggt > 1:3833183/1‑140 (MQ=255) aaaaTAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGgtgt < 1:334847/140‑1 (MQ=255) aTAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAg > 2:6452285/1‑140 (MQ=255) tAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGc < 1:1694667/140‑1 (MQ=255) aGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCa < 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gTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAAt > 1:4381897/1‑140 (MQ=255) gACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCa < 2:9729032/140‑1 (MQ=255) cGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGa < 2:265818/140‑1 (MQ=255) gCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCCCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGAc > 1:6002637/1‑140 (MQ=255) cAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACg > 1:10675493/1‑140 (MQ=255) cccATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCCGTTCAGGACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGAGCGGCACCACCAGTGGTGTGCGCAACGCCCTGAGAAATCAGACGTgg > 2:9214555/1‑139 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aacGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGAt < 2:6230133/140‑1 (MQ=255) gAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc > 1:5416850/1‑140 (MQ=255) gAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc < 2:5749431/140‑1 (MQ=255) gAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc > 2:1946461/1‑140 (MQ=255) gAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc < 1:10528067/140‑1 (MQ=255) gAGGTGGTTAGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGGACTTGCTCCGCCTATATCCACCTCCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCAc < 2:8457918/140‑1 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aCCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAAc < 1:10315805/140‑1 (MQ=255) ccGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCg > 2:4961918/1‑140 (MQ=255) ccGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCg > 2:8893308/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCgaga > 2:1551458/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCgaga > 1:9969318/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCgaga > 2:2440533/1‑140 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(MQ=255) gCTCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCAGATCGGCACCAACAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATaaa > 2:2257110/1‑140 (MQ=255) tCCGCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAAt > 1:248916/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:8663879/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 2:8616853/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:8899218/1‑140 (MQ=255) gCCTATATCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCAc > 1:2298505/1‑140 (MQ=255) tatCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCa > 2:5218349/1‑140 (MQ=255) tCCACCACCAGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCAtt < 2:1331947/140‑1 (MQ=255) accaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACCACCGAGAATGTCCTGCGCTTTGGCGCTAAAATCACCCGCATGGAc > 2:8031914/1‑140 (MQ=255) accaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGAc > 2:6132139/1‑140 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGTGCGGCACCTCGAGTGGGGTGAGCGACGCCCTGATAAATCCGACGGGCTTCCTCTTCAGCGCTGATCACCTGTACCGGACAAGCGAGCATTTGCTGCGCTTTGGCAATGTCCTCACCCGCATTGACg > 2:2778506/1‑140 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACg > 1:6383044/1‑140 (MQ=255) ccaccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACg > 2:10416834/1‑140 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACgg > 2:9083392/1‑140 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGAAgg > 1:4104006/1‑140 (MQ=255) caccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTACACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACgg > 2:9470574/1‑140 (MQ=255) accaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGc < 1:11464775/140‑1 (MQ=255) accaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAAACAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGc < 2:1162470/140‑1 (MQ=255) ccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCa < 2:3566952/140‑1 (MQ=255) ccaGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCa < 2:8784291/140‑1 (MQ=255) ccaGGCGCAGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCTCTGATCACCTGAACAGGACAACCGAGAATATCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCa > 2:6712327/1‑140 (MQ=255) caGGCGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCaa > 1:6205437/1‑140 (MQ=255) | TGCCCCAGATTACGATCGGCAAAATAGCGTTCCAGCCAGGTGACGCAGCCCATCGACAGGCTGAACAACGAGGTGGTTTGTGCACCCGTGCCGGTTACCAGTTCAGTACTGGCTCCGCCTATATCCACCACCAGGTGCTGATCGGCACCACCAGTGGTGTGAGCAACGCCCTGATAAATCAGACGTGCTTCCTCTTCACCGCTGATCACCTGTACCGGACAACCGAGAATTTCCTGCGCTTTGGCAATAAAATCACCCGCATTGACGGCAAG > NZ_CP025268/3965613‑3965884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |