| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 4,026,258 | A→G | *261* (TAA→TAG) L162L (CTT→CTC) |
tatD → rfaH ← |
3'‑5' ssDNA/RNA exonuclease TatD transcription/translation regulatory transformer protein RfaH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,026,258 | 0 | A | G | 99.6% | 2546.3 / NA | 728 | *261* (TAA→TAG) L162L (CTT→CTC) | tatD rfaH | 3'‑5' ssDNA/RNA exonuclease TatD transcription/translation regulatory transformer protein RfaH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (249/476); minor base T (0/3); total (249/479) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 728 total aligned reads displayed.
CATCATCCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAAT > NZ_CP025268/4026122‑4026392 | tcatcCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGttt > 2:1179717/1‑140 (MQ=255) catcCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTg < 1:2102575/140‑1 (MQ=255) ccGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGa < 2:1771623/140‑1 (MQ=255) cGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGaa < 1:7762629/140‑1 (MQ=255) gcgcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACt < 1:5911793/140‑1 (MQ=255) gcgcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACt < 1:5055447/140‑1 (MQ=255) cgcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTc > 2:837396/1‑140 (MQ=255) gcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCg < 1:1927442/140‑1 (MQ=255) gcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCg < 1:8258114/140‑1 (MQ=255) gcAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCg < 1:3030874/140‑1 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aaCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTCGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGt < 1:6442421/140‑1 (MQ=255) aaCGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATGTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCGAATGTCAAACCACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGt < 2:1341156/140‑1 (MQ=255) aaCGAGCCAGCCCAACTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGACGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACAATGTTTGGGATTGCTTTTTAGAGATTGCGGAACTCGGt < 2:3865017/140‑1 (MQ=255) aaCGAGCCAGCCCAACTGCCCCATAATTTGCAACGGATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGCATGCTAATGACAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGATTGCGGAACTCGGt < 2:2075630/140‑1 (MQ=255) cGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTAt < 1:873460/140‑1 (MQ=255) gccagccCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTAttct < 1:6976197/140‑1 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ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:7672725/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 1:1120234/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:5745443/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:5497964/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:1462563/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCacac < 2:10677704/140‑1 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cGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATACTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGaaa > 2:1696656/1‑140 (MQ=255) ggATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACGGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGaaaa < 2:1949810/140‑1 (MQ=255) aTGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGa < 1:9122905/140‑1 (MQ=255) acacTGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTc > 1:134282/1‑140 (MQ=255) tGTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACACGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAAc > 2:5910986/1‑140 (MQ=255) gTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGgag > 2:3543242/1‑91 (MQ=255) gTTTGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAAcg > 1:9772922/1‑140 (MQ=255) tttGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca > 2:3097791/1‑45 (MQ=255) ttGGGATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAAcgcg < 1:4203410/140‑1 (MQ=255) gggATTGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGcc < 1:6245085/140‑1 (MQ=255) tGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCgg > 2:11315028/1‑140 (MQ=255) tGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCgg < 1:4825538/140‑1 (MQ=255) tGCGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCgg < 2:9199625/140‑1 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTcaca > 1:11323155/1‑35 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta > 1:473023/1‑140 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta > 1:10486537/1‑140 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta < 2:5355122/140‑1 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta > 1:2546313/1‑140 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta > 1:3354986/1‑140 (MQ=255) cGTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGta > 2:6700250/1‑140 (MQ=255) gTTTTAGAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGtaa < 1:8135892/140‑1 (MQ=255) | CATCATCCCGGCGCAACGAGCCAGCCCATCTGCCCCATATTTTGCAACGTATTGCGCACTGGCGTGGAGAAGATGCCGCATGGCTGGCTGCCACCACGGATGCTAATGTCAAAACACTGTTTGGGATTGCGTTTTAAAGTTTGCGGAACTCGGTATTCTTCACACTGTGCTTAATCTCTTTATTAATAAGATTAAGCAATAGCATGGAGCGAGCCTCACCATCGGGTTCGGTGAAAATGGCCTGAAAGCCTTCGAACGCGCCTTCGGTAAT > NZ_CP025268/4026122‑4026392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |