| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,327,077 | G→A | T5I (ACC→ATC) | phnC ← | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,327,077 | 0 | G | A | 99.8% | 1606.7 / NA | 410 | T5I (ACC→ATC) | phnC | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (82/327); minor base T (0/1); total (82/328) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
TTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGGTAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCT > NZ_CP025268/4326940‑4327213 | ttAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATa < 2:5977006/140‑1 (MQ=255)ttAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATa < 1:3726925/140‑1 (MQ=255) tcaGTGACGTAAAAGGGTGGTTTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGTTaa < 2:4907298/138‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 1:5699794/140‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 2:4391132/140‑1 (MQ=255) cGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTg < 1:8937902/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGc < 1:6711882/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGc < 2:5329854/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 2:1634819/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 2:2081130/140‑1 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aTTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCt < 2:8550552/140‑1 (MQ=255) ttttCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTc < 1:10448444/140‑1 (MQ=255) tCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCt < 1:2384731/140‑1 (MQ=255) ccGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa > 1:10590162/1‑124 (MQ=255) ccGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTa > 1:11301783/1‑140 (MQ=255) aaCCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTaaaaa < 2:782840/140‑1 (MQ=255) aaCCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTaaaaa < 1:1850255/140‑1 (MQ=255) cGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCt < 2:4263446/140‑1 (MQ=255) ggCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTc < 1:4607394/140‑1 (MQ=255) cccAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCa < 1:1419188/140‑1 (MQ=255) gCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTg < 1:7904225/140‑1 (MQ=255) agCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCgg > 1:1680513/1‑140 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tCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGttaattaa < 2:6947419/140‑1 (MQ=255) tCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGttaattaa < 1:2810870/140‑1 (MQ=255) tCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGttaattaa < 2:2160579/140‑1 (MQ=255) aGATCAACCGCATGCAGCGCCTTTTGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTGTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTaaaa < 2:936866/140‑1 (MQ=255) aGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTaaaa < 2:8816516/140‑1 (MQ=255) aGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTaaaa < 2:89959/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |