Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,435,089 | T→C | *287* (TAA→TAG) | qorB ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,435,089 | 0 | T | C | 99.5% | 1434.1 / NA | 414 | *287* (TAA→TAG) | qorB | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (242/169); minor base G (2/0); total (244/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 433 total aligned reads displayed.
TAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATA > NZ_CP025268/4434952‑4435224 | tAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAattaacta < 1:6999689/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGTTCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGGAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCTTTATCAGAGTGGATGCGGGATGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 2:9225480/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:6518639/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:10079239/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |