Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,517,199 | T→C | D465G (GAC→GGC) | fecA ← | Fe(3+) dicitrate transport protein FecA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,517,199 | 0 | T | C | 99.8% | 3692.7 / NA | 1060 | D465G (GAC→GGC) | fecA | Fe(3+) dicitrate transport protein FecA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (418/639); minor base A (2/0); total (420/640) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1060 total aligned reads displayed.
CGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGTCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAAT > NZ_CP025268/4517062‑4517335 | ttgttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGa < 2:10756696/140‑1 (MQ=255) gttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACg > 2:3196977/1‑140 (MQ=255) ttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGTCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACgg < 2:6529444/140‑1 (MQ=255) tCTGGTAAGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGAGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCACGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACGGc < 2:11407302/140‑1 (MQ=255) 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CGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGTCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAAT > NZ_CP025268/4517062‑4517335 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |