| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 384,788 | G→A | G169D (GGT→GAT) | tauA → | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 384,788 | 0 | G | A | 99.5% | 2232.3 / NA | 580 | G169D (GGT→GAT) | tauA | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base A (316/259); minor base C (0/3); total (318/262) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
CGCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGGTATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTGCC > NZ_CP025268/384652‑384924 | gCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATAtt > 2:3483071/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGa < 2:855284/140‑1 (MQ=255) aTCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGa < 1:5054562/140‑1 (MQ=255) cGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATCTTGATg > 1:2765823/1‑140 (MQ=255) tACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCt > 1:6852165/1‑140 (MQ=255) tACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCt < 1:11135199/140‑1 (MQ=255) tACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCt < 1:11369531/140‑1 (MQ=255) ccGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTa < 1:1267580/140‑1 (MQ=255) tATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCt > 1:7418175/1‑140 (MQ=255) tATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCt > 1:7253156/1‑140 (MQ=255) caccacCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCAc > 1:9057922/1‑140 (MQ=255) ccacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcg > 1:5433375/1‑140 (MQ=255) ccacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcg < 2:159771/140‑1 (MQ=255) ccacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACACGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGAAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcg > 1:1095441/1‑140 (MQ=255) cacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcgg > 2:7551244/1‑140 (MQ=255) acccccTACACCCCGCTGGCGGCACTGCACCACTGGGGCAGTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGACCCTGCAGCCGCCCGCGATGATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGCTATTGATGGAGCTTATGTCTGGGCACcggc < 2:6487341/140‑1 (MQ=255) cccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcggcg > 2:10152349/1‑140 (MQ=255) cccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcggcg > 1:10846060/1‑140 (MQ=255) acTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACACGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGtt > 2:3070342/1‑140 (MQ=255) tACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTaa < 1:3351703/140‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGCTTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCCCCGGCGGGTAAc > 2:77800/1‑140 (MQ=255) gCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGcc < 2:4127564/140‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGcc < 1:307861/140‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcg > 2:6353437/1‑127 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc > 1:8470553/1‑140 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc < 1:4499054/140‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc > 1:1775602/1‑140 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc > 1:717353/1‑140 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc < 2:6681274/140‑1 (MQ=255) tgctgGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTg > 1:10657588/1‑140 (MQ=255) ctgGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGCGAGTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATAAGCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCGGGa > 2:5809624/1‑140 (MQ=255) tgGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGaa > 2:9668747/1‑140 (MQ=255) tgGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGaa > 2:7189484/1‑140 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gggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGa > 1:4131295/1‑140 (MQ=255) gggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGAGTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGGCTGGGCACCGGCGGTTACCGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGa > 1:9466914/1‑140 (MQ=255) ggCATTCAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 2:1121698/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 2:9022033/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGATAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 2:4350674/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCCTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCAGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 2:1917774/140‑1 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cGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGAttt > 1:6716901/1‑140 (MQ=255) gggAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAATGATTTTg > 1:9285284/1‑140 (MQ=255) gggAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTg > 1:2366664/1‑140 (MQ=255) gggAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTg > 1:10164434/1‑140 (MQ=255) gggAGATATTGATGGTGCTTAGGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATtgtg > 2:8211754/1‑140 (MQ=255) | CGCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGGTATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTGCC > NZ_CP025268/384652‑384924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |