Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 390,887 | G→A | A356V (GCG→GTG) | CXP41_RS02035 ← | IS3‑like element IS3 family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 390,887 | 0 | G | A | 94.7% | 30.6 / ‑6.0 | 19 | A356V (GCG→GTG) | CXP41_RS02035 | IS3‑like element IS3 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (17/1); total (18/1) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTC > NZ_CP025268/390750‑390926 | gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcc > 1:10968694/1‑140 (MQ=18) gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcc > 2:5005847/1‑140 (MQ=18) gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACAGTCGATA‑TAATTAAACAcc > 2:10039831/1‑140 (MQ=16) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCATATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAGTGTAATCACACTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:10128550/1‑140 (MQ=11) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 1:11214888/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:8153026/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:7259574/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:6005984/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:10036349/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 1:9024340/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 1:2946244/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 1:1209327/1‑140 (MQ=17) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACAAAGGCATAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcct > 2:3683396/1‑139 (MQ=12) ggggCTGATAGAACCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCTGACAGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAATGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg > 2:6309873/1‑140 (MQ=11) gggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGt > 2:4301185/1‑140 (MQ=14) ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt > 1:4974298/1‑140 (MQ=11) ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt < 1:3920592/140‑1 (MQ=11) ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt > 2:8795164/1‑140 (MQ=11) cgcctatgCGAGGTTCTGGGTTTCAAAGTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACCCCAACTGTGCCGCCGCCACCGAGGGTAGTCACATTCGTGAGTATTGATACG‑CGTGGCGCGCATTCTTTGCCGGCTGATAAGGTGTtgtc > 2:7152150/8‑140 (MQ=2) | GGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTC > NZ_CP025268/390750‑390926 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |