Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 443,691 | T→C | intergenic (‑126/‑42) | panE ← / → yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 443,691 | 0 | T | C | 99.9% | 2447.9 / NA | 701 | intergenic (‑126/‑42) | panE/yajQ | 2‑dehydropantoate 2‑reductase/nucleotide binding protein YajQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (452/248); minor base A (1/0); total (453/248) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 701 total aligned reads displayed.
GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGACTT > NZ_CP025268/443554‑443827 | ggTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCgg < 1:10262913/140‑1 (MQ=255) ggTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCgg > 2:9737657/1‑140 (MQ=255) tGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTc < 1:2723624/140‑1 (MQ=255) ttCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAATTCTATCCCTAAATTGTGCATGCTGTTGAGACAATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGAGCAGGACATTAGGTTATTTAACTATGCGGGTATTAATCTTCGc > 2:6164689/1‑140 (MQ=255) tcctcACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCa < 2:9367715/140‑1 (MQ=255) ctcACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAANAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCaaa < 1:6087901/140‑1 (MQ=255) cccGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAATTg > 1:2936242/1‑140 (MQ=255) cAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAgg < 2:2685051/140‑1 (MQ=255) aaCCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAggg > 2:1710485/1‑140 (MQ=255) aCTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGagag > 1:7785820/1‑140 (MQ=255) cTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAgg > 1:4525256/1‑140 (MQ=255) tCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGa > 2:2328396/1‑140 (MQ=255) tcacaacggCTCTCCCTTAATTGTGCATCCTGCAGCGACTAACCACAATTTAGGGAGACGACCCGGGCCAGGACGGCCGTGTATTTAACTCTGCGGGTATTCTGCTTCGCATCAAAAATGAAGGTAGAGGAAAAGATGcc < 2:1331933/133‑1 (MQ=255) tCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGcc < 1:662389/140‑1 (MQ=255) cAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCa < 2:9213905/140‑1 (MQ=255) cAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCa > 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ggCTATCCCTTAATTGAGCATTCGGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTc < 1:6417222/140‑1 (MQ=255) cTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTACGa > 1:11272124/1‑140 (MQ=255) tATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGat < 2:5462652/140‑1 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGc < 1:2133097/127‑1 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCCTCTTTCGatat > 1:8544320/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat > 1:5075968/1‑140 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 1:9800406/140‑1 (MQ=255) tCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGatat < 2:7272508/140‑1 (MQ=255) cccTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATAtt < 2:4034835/140‑1 (MQ=255) aaTTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGtctc > 1:11050252/1‑140 (MQ=255) aaTTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGtctc > 2:7673001/1‑140 (MQ=255) aaTTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACATTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATTAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGtctc < 2:2845349/140‑1 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAATATGAAGGGAGAGGAAAAGTTGCCATGTTTCGATATTGTCTCTGaa > 2:6473474/1‑140 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGACAAGTTGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGaa > 2:3866063/1‑140 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGaa > 1:5790365/1‑140 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGaa > 1:10579270/1‑140 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGaa > 2:750890/1‑140 (MQ=255) gtgCATGCTGTTGCGACTATGCACAAGTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCAGCAAAAAGGTAGGGAGAGGAAACGATGCCATCTTTCGAGATTGTCTCTgtc > 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1:10413326/140‑1 (MQ=255) cTGTCGGTTATTTAACTTGGCGGGTATTTTGCTTCGCATCAAATATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATGTGGGGATATTGTCGCTGTAGTTGATCTTCAGGAAGCGCGTCACGAGGTCGATACCGCGTGCCGAGAAGTg > 2:6979492/1‑140 (MQ=255) tCGGTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTggcg > 2:3690102/1‑138 (MQ=255) ggTTATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTc < 1:2455454/140‑1 (MQ=255) tATTTAACTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCg > 2:8255592/1‑140 (MQ=255) aaatttGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTg > 1:8224932/4‑140 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTACCGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 2:8005851/140‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGAc < 2:10684601/140‑1 (MQ=255) | GGTAATTTTCATTGTTCCTCCTCACCCGCAACCACTCCGGGTGTTCAATAAGGCTATCCCTTAATTGTGCATGCTGTTGCGACTATGCACAATTAAGGGATACGTCCTGGTGCAGGACTGTCGGTTATTTAACTTTGTGGGTATTATGCTTCGCATCAAAAATGAAGGGAGAGGAAAAGATGCCATCTTTCGATATTGTCTCTGAAGTTGATCTTCAGGAAGCACGTAACGCGGTCGATAACGCGAGCCGCGAAGTGGAGTCCCGTTTTGACTT > NZ_CP025268/443554‑443827 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |