Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 2 bp→CT | coding (2017‑2018/2145 nt) | pta → | phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 0 | T | C | 99.5% | 2810.5 / NA | 808 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-02 | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,420,799 | 0 | C | T | 99.2% | 3124.7 / NA | 808 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (324/475); minor base G (2/4); total (328/480) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 808 total aligned reads displayed.
ACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGT > NZ_CP025268/2420664‑2420932 || cgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGAtct > 1:2897787/1‑140 (MQ=255) tGCGGTACTGGCTGACGTTGCGAAATCCAACGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGAGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCa > 2:3655749/1‑140 (MQ=255) tGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCa > 1:7844506/1‑140 (MQ=255) cGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTCCAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATc > 1:2132803/1‑140 (MQ=255) cGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATc > 2:1415790/1‑140 (MQ=255) aTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGcc > 2:1033049/1‑140 (MQ=255) ggCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGa < 1:7226775/140‑1 (MQ=255) ggCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGa < 1:6776581/140‑1 (MQ=255) ggCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGa < 1:5870898/140‑1 (MQ=255) ggCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGa < 2:8127923/140‑1 (MQ=255) gCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAt < 1:10674757/140‑1 (MQ=255) gCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAt < 2:1735468/140‑1 (MQ=255) tGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTCCAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgc > 2:6050435/1‑140 (MQ=255) aCGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctg < 2:4318798/140‑1 (MQ=255) cGTTGCGCACTCCAACGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 2:8391845/140‑1 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGc < 1:3932425/131‑1 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 2:6251287/140‑1 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 1:848703/140‑1 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTACATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCAGACCTGATCTCCAACTGGCCGAagctac > 2:872605/1‑138 (MQ=255) gTTGCGAAATCCACCGCGCCGAACTCTCAGGTTGCAGGTCGCGCTACCTTGTTCATCTTACCGTATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAATCGGTTCAGCGTTCTGCCGACCTGATATACATCGGGCCGATGCTGCa < 2:11479799/140‑1 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 2:7130709/140‑1 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 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cGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGtt > 1:2384924/1‑140 (MQ=255) ctcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACCAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 2:893899/140‑1 (MQ=255) ctcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 1:3550468/140‑1 (MQ=255) ctcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 2:7472731/140‑1 (MQ=255) ctcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 1:9437830/140‑1 (MQ=255) ctcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 1:6448899/140‑1 (MQ=255) tcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTCTGCGCAAGCCGGTTAACGAcc > 2:9457730/1‑140 (MQ=255) gTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTc < 2:10877051/140‑1 (MQ=255) ttGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTc > 2:2600635/1‑139 (MQ=255) gCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCg < 1:4892103/140‑1 (MQ=255) ggTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTCACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTgg > 2:9389470/1‑140 (MQ=255) tCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGgcg < 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ccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAg > 1:8129845/1‑140 (MQ=255) cTACAACGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGCTGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt < 2:2893635/140‑1 (MQ=255) cTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt > 1:3265940/1‑140 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 1:11464227/1‑140 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 1:5596722/1‑140 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 2:7763989/1‑140 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 2:5803414/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 1:10448310/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 2:8216751/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 1:4637221/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGAGCACTGGTTGACGTTATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 2:6824179/140‑1 (MQ=255) ggTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagc < 2:4122574/140‑1 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 2:9105612/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 1:4391263/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 2:3926201/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 2:4721325/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 2:4467957/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagc < 2:3155341/131‑1 (MQ=255) ttCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 2:518608/1‑140 (MQ=255) tGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtctc > 1:7489982/1‑140 (MQ=255) tGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtctc > 1:9173558/1‑140 (MQ=255) ccGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGt > 2:3432378/1‑140 (MQ=255) || ACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGT > NZ_CP025268/2420664‑2420932 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |