| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,768,801 | +G | pseudogene (23/1487 nt) | sufB ← | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,768,801 | 1 | . | G | 99.4% | 1202.0 / ‑1.3 | 350 | pseudogene (23/1487 nt) | sufB | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (158/190); total (159/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑A‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGTG > NZ_CP025268/1768662‑1768934 | aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCCGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑a > 1:3398769/1‑140 (MQ=255)aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑a > 1:2042447/1‑140 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑agt < 1:4822279/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑agt < 2:1963196/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTGTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑agt < 2:3937673/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCGTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑agt < 2:1405556/140‑3 (MQ=255) cGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑agttg < 2:3567823/140‑5 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCtt > 2:31718/1‑140 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCtt < 1:5280465/140‑1 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCtt < 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aTTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAg < 2:3038876/140‑1 (MQ=255) tACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTa < 2:6388341/140‑1 (MQ=255) cGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTAtt < 2:4064131/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTa < 1:896744/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTa < 2:645618/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTa < 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ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACg < 1:5980707/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACg < 2:4492890/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCGTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACg < 2:6190535/140‑1 (MQ=255) cGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACgag > 2:1979823/1‑140 (MQ=255) cGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACgag > 1:1244441/1‑140 (MQ=255) cGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACgag < 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gCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATACCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGATGCTTCAGAATTACgaga > 2:5490541/1‑140 (MQ=255) cGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATANTTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATNACGAGACa < 1:5709457/140‑1 (MQ=255) cGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTGTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACa < 2:5241955/140‑1 (MQ=255) cGAAATTGCGCGCACCACCTCGTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCCGTATTACGAGACa < 2:3426337/140‑1 (MQ=255) cGAAAGTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACa < 1:6303824/140‑1 (MQ=255) aTTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGt < 1:712587/140‑1 (MQ=255) aTTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGt < 1:2455496/140‑1 (MQ=255) aTTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGt < 1:294931/140‑1 (MQ=255) ttGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTa < 2:2949037/140‑1 (MQ=255) tGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTAc < 2:2733243/140‑1 (MQ=255) gcgcACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGc < 2:4803425/140‑1 (MQ=255) 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1:4682829/1‑140 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTa > 2:3852821/1‑46 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTa < 1:3852821/46‑1 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTcc > 1:1388361/1‑140 (MQ=255) cgccgGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCac > 1:2283408/1‑140 (MQ=255) cgccgGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTAGAATATCTGATTAAGTCCTTCac > 2:1496585/1‑140 (MQ=255) tGACATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACtt > 2:4118971/1‑140 (MQ=255) cATCGTC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCACAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCg < 1:1592561/140‑1 (MQ=255) | ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTC‑A‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGTG > NZ_CP025268/1768662‑1768934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |