| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,218,374 | (C)5→6 | pseudogene (306/1685 nt) | btsS ← | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 99.4% | 1201.4 / ‑1.2 | 345 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (185/157); total (188/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503 | gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑cc < 2:108504/140‑1 (MQ=255) gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑cccc < 2:285625/140‑1 (MQ=255) gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGACCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑cccc < 2:2999012/140‑1 (MQ=255) aaCGTGACGGCACCGGGGGTCATGGGGGTCAAGACTTTCTCCGGGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCCCCGAGTTCTCCGTCATCGCTGGTCGAGAGCATGCCCCTTTACGCGGTCATG‑cccccccg > 2:5856571/1‑137 (MQ=255) aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑ccccccat > 1:4140910/1‑137 (MQ=255) cGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑ccccccatcg < 1:2522148/140‑6 (MQ=255) gACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAat > 1:5168535/1‑140 (MQ=255) aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAata < 2:2645961/140‑1 (MQ=255) cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAatat < 2:2110473/140‑1 (MQ=255) cGGCACAGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTGATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGTCCACAGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAatat < 2:1528760/140‑1 (MQ=255) cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTTCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGt > 1:4184334/1‑140 (MQ=255) cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGt > 1:1306438/1‑140 (MQ=255) gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTaa > 1:3811820/1‑140 (MQ=255) gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTaa > 1:2369035/1‑140 (MQ=255) tAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAgccg < 1:3937540/140‑1 (MQ=255) aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAgccgc > 1:2885505/1‑140 (MQ=255) aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAgccgc > 2:322018/1‑140 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:3047548/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1834046/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:36881/140‑1 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:2955827/1‑140 (MQ=255) ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 2:4859848/140‑1 (MQ=255) ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg > 2:6416598/1‑140 (MQ=255) tAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGc < 1:1075904/140‑1 (MQ=255) aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:142279/1‑140 (MQ=255) cTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAcc < 1:1757745/140‑1 (MQ=255) tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 2:4423152/1‑140 (MQ=255) ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 1:6182772/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:635880/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:1694662/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:5441827/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:3739243/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4349597/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:1199625/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:215646/1‑140 (MQ=255) cggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgg > 1:790824/1‑140 (MQ=255) cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:4036385/140‑1 (MQ=255) cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:3503786/140‑1 (MQ=255) cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:3783064/140‑1 (MQ=255) ggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg < 2:4284700/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTCCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATCTCGATGTAAGCCGCAGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:3527101/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTAACAGGCCACCGATTACTCCTTCAACGATTGTCGAGATCATGCAACTTAACTCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGACGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:5802272/140‑1 (MQ=255) tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGccgccg > 2:6025748/1‑95 (MQ=255) tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:3672548/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |