| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,426,468 | +C | pseudogene (249/275 nt) | yjfY ← | DUF1471 family protein YjfY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,426,468 | 1 | . | C | 99.4% | 1189.4 / ‑1.0 | 343 | pseudogene (249/275 nt) | yjfY | DUF1471 family protein YjfY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (151/190); total (153/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
ATTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑G‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426329‑4426601 | tccttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑gcat < 2:66331/140‑4 (MQ=255) tcctgcctCGGGAGATAACTGGTCTAAGTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑gcat < 2:2318736/140‑4 (MQ=255) tccgtcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGACGGGGGCAAAGCAAACTCAGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑gcat < 2:3244968/140‑4 (MQ=255) cttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑gcatat > 2:4093151/1‑135 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAATATCCGCGCTGGCGT‑GCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgatt > 1:2387264/1‑140 (MQ=255) aaaTATCCGCGCGGGCGT‑GCATCTTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCCGCTGCATTACGTGGTAGTACGTTGCGCGTGGCGAATCTGGTTCTGCAGTTAATGCCTGACGTGCGTCGCTTTCAGTGGCGACATTAtgattg > 2:2065281/1‑140 (MQ=255) atatCCGCGCTGGCGT‑GCTTTTTGCCGTTACTCCCCGGGTCCCGCATCAGAATTAAGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGAGCATCTGTTTCTTCTTTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgattgat < 2:3587713/140‑1 (MQ=255) atatCCGCGCTGGCGT‑GCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgattgat < 1:4266518/140‑1 (MQ=255) atatCCGCGCTGGCGT‑GCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgattgat < 2:2655754/140‑1 (MQ=255) cgcgCTGGCGT‑GCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGttt < 1:6105999/83‑1 (MQ=255) 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1:4370474/1‑140 (MQ=255) | ATTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGT‑G‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426329‑4426601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |