| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,542,898 | (A)6→7 | pseudogene (27/602 nt) | fimB → | type 1 fimbria switch DNA invertase FimB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 4,542,892 | 1 | . | A | 98.3% | 1156.8 / 7.8 | 300 | pseudogene (21/602 nt) | fimB | type 1 fimbria switch DNA invertase FimB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/0); new base A (190/104); total (196/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATAAGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑AAAAA‑AGGAACTTCCTGACCCATAGTGAAATCGAATCACTCCTTAAAGCAGCAAATACCGGGCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGT > NZ_CP025268/4542754‑4543026 | ccACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATATGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑a > 2:1795639/1‑140 (MQ=255) aCGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATAAGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑aaaaa‑aa > 1:4629725/1‑139 (MQ=255) gttagttaTTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATAAGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑aaaaa‑aagg < 2:3679826/140‑4 (MQ=255) gttagttaTTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATAAGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑aaaaa‑aagg < 2:6092770/140‑4 (MQ=255) 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1:2049938/1‑140 (MQ=255) aT‑AACAAAAAA‑AGGAACTTCCTGACCCATAGTGAAATCGAATCACTCCTTAAAGCAGCAAATACCGGGCCTCATGCAGCACGTAATTCTTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGt > 2:160400/1‑140 (MQ=255) aT‑AACAAAAAA‑AGGAACTTCCTGACCCATAGTGAAATCGAATCACTCCTTAAAGCAGCAAATACCGGGCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGt > 2:4780067/1‑140 (MQ=255) | CCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAACCCAGCACAGCTAGTGCGCGTCTGTAATTATAAGGGAAAAACGATGAAGAATAAGGCTGAT‑AAC‑AAAAA‑AGGAACTTCCTGACCCATAGTGAAATCGAATCACTCCTTAAAGCAGCAAATACCGGGCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGT > NZ_CP025268/4542754‑4543026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |