| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,292,883 | 0 | A | G | 22.6% | 324.5 / 118.5 | 234 | intergenic (‑25/+22) | CXP41_RS06830/CXP41_RS06835 | RtT sRNA/RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/126); new base G (40/11); total (93/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCC > NZ_CP025268/1292747‑1293022 | cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCg < 1:1967814/140‑1 (MQ=11) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCg < 2:1955171/140‑1 (MQ=11) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCggg < 1:4850947/140‑1 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCgggg > 1:6406543/1‑140 (MQ=11) tGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCCACGCACTCTCGCTGGCGCACAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGGCGAATATTTGATTGCGGATTGGGTTGTGAATTCAGGGGCtt > 1:3746355/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACCCTCTCTCGCTGGCGGTCAAGTCGTACCATGGGCGAAGCGTCTCATCCTTACCCCCCTGGGCCGTATATGTGATTTGGGATTCGGTTGGGAATTCCggggggttt > 1:5755832/1‑135 (MQ=2) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAg < 1:1557718/140‑1 (MQ=11) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 1:5590091/140‑1 (MQ=11) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 2:5083666/140‑1 (MQ=11) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCCCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtg < 1:383456/140‑1 (MQ=11) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtgg < 1:3260805/140‑1 (MQ=11) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggt < 2:1396790/140‑1 (MQ=11) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtg < 2:3841974/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 2:728835/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 2:5460109/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggg < 1:213177/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggg < 2:4257775/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg < 1:4979089/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg < 2:1422922/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:6450823/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:5525063/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:2911238/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTGGGACGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATATGATTGCGGATTCGTATGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 2:5061190/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAAACTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 2:2191811/140‑1 (MQ=11) ctctctCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAgcgc > 2:928311/1‑140 (MQ=14) ctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 1:2527165/140‑1 (MQ=14) ctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGATGATTTGATTGCGGTGTCGCTTGAGCGTTCAGGGCCTTGTGTAAGTGATGGGGGT‑GGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTg > 1:1151681/1‑140 (MQ=11) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:2828955/140‑1 (MQ=14) tctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc > 1:4619844/1‑140 (MQ=11) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:1179558/140‑1 (MQ=14) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:1704386/140‑1 (MQ=14) gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:2263239/140‑1 (MQ=14) cctcTCGAGCCGAACCTGTCTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATTGGCAGAATAATTTATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCTGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 1:2834709/137‑1 (MQ=11) acgcTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCg > 2:6214251/2‑140 (MQ=11) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc > 1:6329446/1‑140 (MQ=14) tcaagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTTCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt < 2:2873803/134‑1 (MQ=14) tcaagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCGTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGCTTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGcccg > 1:5790486/7‑139 (MQ=14) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:3342271/1‑140 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:2995362/1‑140 (MQ=255) gAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:5824215/140‑1 (MQ=11) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:1802154/136‑1 (MQ=14) caCCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 1:2363563/139‑1 (MQ=14) aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 2:5916057/140‑1 (MQ=255) ccttggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGATTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGtt < 2:15912/134‑1 (MQ=14) ccttggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATAATTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGtt < 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ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGct < 2:4619844/140‑1 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGct > 2:606348/1‑140 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGca > 1:1965491/1‑139 (MQ=255) tcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGctc > 1:460188/1‑140 (MQ=255) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGc > 1:1808398/1‑140 (MQ=255) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGATGCCGGCCGCAACGCGCTCACGc > 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gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgcgc > 2:4906033/1‑140 (MQ=255) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 2:4831678/138‑1 (MQ=255) cATGGGCAGAATCATAGATTGCGGCTTCGCTTGAGATTTCAGGGACTATTGAAAGAGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCt < 1:5925849/140‑1 (MQ=11) cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGACAGTGCTGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTGTCTCGCTGgcgcg > 1:269541/1‑139 (MQ=11) cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgcgc > 2:3179992/1‑140 (MQ=11) ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTTCGGCAACGCACACTAGCTGACGCTc > 1:5815607/2‑140 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aGAATATTAGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:4475209/140‑1 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGaa > 2:1151753/1‑140 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCACGCGGGCGCTCGAGTCGaa > 1:3969944/1‑140 (MQ=11) aaTATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCACTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGaa > 1:4444189/1‑140 (MQ=11) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGa > 2:6395472/1‑140 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTGGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:4761852/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:1247502/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:6148949/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:94991/140‑1 (MQ=255) gCGGATTAGTATGAGAATTCGTGTGATTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:4813800/140‑1 (MQ=11) gCGGAGTCGTTAGAGAATTCCGTGTCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5255915/140‑1 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg > 1:3179084/1‑49 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGcc < 2:6430662/93‑1 (MQ=255) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAATGAGTACTAAACGCAGCGCGCTAAGCCCAACGGGTCGTTGCAGGAGGACACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGACGCACCGTAGGCGAAGc > 2:3163620/1‑140 (MQ=9) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:3759878/140‑1 (MQ=255) tCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGATAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCCTGCGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGGTtct < 2:4781958/140‑1 (MQ=11) cgtttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtctc < 2:3946634/137‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:1006850/139‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 2:4035796/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGCAAGGGATGGGGTT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCACCGCACTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTc < 2:236827/140‑1 (MQ=14) gaATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:5426599/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGAAAGGGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:2301629/140‑1 (MQ=255) | CTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCC > NZ_CP025268/1292747‑1293022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |