| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,292,887 | 0 | C | A | 22.2% | 283.9 / 116.8 | 236 | intergenic (‑29/+18) | CXP41_RS06830/CXP41_RS06835 | RtT sRNA/RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/129); new base A (39/13); total (92/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA > NZ_CP025268/1292749‑1293026 | cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCg < 2:1955171/140‑1 (MQ=11)cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCg < 1:1967814/140‑1 (MQ=11) aGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCgg > 1:6371723/1‑140 (MQ=11) tGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCGGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCCGAATATTTGGTTGCGGATTCGGTTGGGAATTCCGGGGcgt > 1:3746328/1‑138 (MQ=11) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGaa < 2:4151460/140‑1 (MQ=11) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAg < 1:1557718/140‑1 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTg < 1:4441477/140‑1 (MQ=11) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 1:5590091/140‑1 (MQ=11) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 2:4747621/140‑1 (MQ=11) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAt < 1:244658/140‑1 (MQ=11) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggt < 2:1396790/140‑1 (MQ=11) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtg < 2:3841974/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 2:728835/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCGGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTGGAAAGTGAttgtgg < 2:504974/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 2:528957/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:4768618/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggg < 1:213177/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg < 2:5081054/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg < 1:4979089/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg < 2:1422922/140‑1 (MQ=11) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGaa < 1:491246/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:5525063/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:6450823/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 1:2911238/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAAACTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGa < 2:2191811/140‑1 (MQ=11) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTACGGGGCTGTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGCtt > 2:1648689/1‑140 (MQ=11) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTc > 1:2312946/1‑140 (MQ=14) ctctctCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAgcgc > 2:928311/1‑140 (MQ=14) ctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAATCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 2:6203810/140‑1 (MQ=14) ctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 1:2527165/140‑1 (MQ=14) ctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGATGATTTGATTGCGGTGTCGCTTGAGCGTTCAGGGCCTTGTGTAAGTGATGGGGGT‑GGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTg > 1:1151681/1‑140 (MQ=11) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:2828955/140‑1 (MQ=14) cGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:3479064/140‑1 (MQ=14) cGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:4476610/140‑1 (MQ=14) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:1179558/140‑1 (MQ=14) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:1704386/140‑1 (MQ=14) ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 1:2569063/140‑1 (MQ=14) tcgcTGGAGCCGAACCTTAGTAGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:5815607/139‑1 (MQ=11) gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:2263239/140‑1 (MQ=14) cctcTCGAGCCGAACCTGTCTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATTGGCAGAATAATTTATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCTGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 1:2834709/137‑1 (MQ=11) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc > 2:557773/1‑140 (MQ=14) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:3342271/1‑140 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:2995362/1‑140 (MQ=255) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:1802154/136‑1 (MQ=14) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 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aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGc > 2:2532072/1‑140 (MQ=255) aGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTTCGGTTAATAAAGAGAAATACCGGTCTTTACAAAGAGGAGGTGGT‑GGTGGAAGGATAACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGCa > 1:5832764/1‑140 (MQ=9) aGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTAATAAGCGCGGCGAGCATCGCCCATCGGGTCGATGCATgtcgca > 1:5009948/1‑135 (MQ=14) aGCTTCTCATCCTTCCCCGCATTGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGAGGCa > 1:1571722/1‑140 (MQ=11) gCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAAGTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCaa < 1:5988903/140‑1 (MQ=255) tctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGGTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTAAAAATCGCTGCGCGCATCACCCTTCGGGTCGATGCCTGAGGCAACGc > 2:4485822/1‑140 (MQ=11) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGct > 2:606348/1‑140 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGca > 1:1965491/1‑139 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCACTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAAAGca > 1:1965323/1‑139 (MQ=11) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGATGCCGGCCGCAACGCGCTCACGc > 1:3504260/1‑140 (MQ=14) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCACGcg > 1:4603044/1‑139 (MQ=14) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 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cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgcgc > 2:3179992/1‑140 (MQ=11) ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAAGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc > 2:2897704/2‑140 (MQ=255) gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGa > 1:311400/1‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTATTCCTCGCATCGCACCTCAACCTTAGGGACCTTGCCTGTCGCAACGTTCTCTAGCTTTCGCTCGaa > 2:1118086/1‑139 (MQ=9) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTCAGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGACCTTCGGGTCGTTTCATGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCACGAg > 2:4362455/1‑140 (MQ=14) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 2:3556044/1‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTAAGAGCTGCGCGCTTCTCCCTTCGGGGCGTTGCCTGCGGCACCGGTCTCTCGCGGGCGCTCGAg > 2:5684597/1‑140 (MQ=11) gCAGAATATTTGAGTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 1:613112/140‑1 (MQ=255) cataaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGcc < 2:124401/137‑1 (MQ=255) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGATTTCAGGGACTTTTGAAATTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCCGCGCTGCGCGATTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgtc < 1:2279432/140‑3 (MQ=11) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTTCGCTCGTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGATCTCTCGCTTTCGCTCGaatcg > 2:3035828/1‑136 (MQ=11) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa > 2:1151251/1‑140 (MQ=255) atTTGATTGCGGATTCGAGTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt < 1:593048/140‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:5805455/140‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGa > 2:6395472/1‑140 (MQ=14) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:1247502/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5767952/140‑1 (MQ=255) gCGGATTAGTATGAGAATTCGTGTGATTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:4813800/140‑1 (MQ=11) gCGGAGTCGTTAGAGAATTCCGTGTCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5255915/140‑1 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑ggggg > 1:3179084/1‑49 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGcc < 2:6430662/93‑1 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg < 2:5448609/140‑1 (MQ=255) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAATGAGTACTAAACGCAGCGCGCTAAGCCCAACGGGTCGTTGCAGGAGGACACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGACGCACCGTAGGCGAAGc > 2:3163620/1‑140 (MQ=9) ttCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc < 1:2111715/140‑1 (MQ=255) tttGAGTATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:5197258/139‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:1006850/139‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:3749871/139‑1 (MQ=255) tGAGAATTTCGGGTCTTTTGTAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATcc < 2:4891508/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGACAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 2:4035738/140‑1 (MQ=255) gaAGTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:880640/140‑1 (MQ=255) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGNCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGTAGGTTCTCATCCTTCCCCGc > 1:5686368/1‑140 (MQ=255) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:3825832/140‑1 (MQ=37) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:4640991/140‑1 (MQ=25) | CAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA > NZ_CP025268/1292749‑1293026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |