Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,292,891 | 0 | G | A | 22.2% | 305.8 / 137.9 | 234 | intergenic (‑33/+14) | CXP41_RS06830/CXP41_RS06835 | RtT sRNA/RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/126); new base A (37/13); total (89/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGG > NZ_CP025268/1292752‑1293030 | tGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCCACGCACTCTCGCTGGCGCACAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGGCGAATATTTGATTGCGGATTGGGTTGTGAATTCAGGGGCtt > 1:3746355/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCGTGGGCAGAATATTTTATTGCGGGGTGGTTTGGGAGTTGCGGGGCtttt > 1:4446810/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCTTGGGCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTGTGAGAATTCCGGGGCtttt > 2:5321124/1‑140 (MQ=11) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGaa < 2:4151460/140‑1 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTg < 1:4441477/140‑1 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTg < 2:4930003/140‑1 (MQ=11) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtgg < 1:3260805/140‑1 (MQ=11) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtg < 2:3841974/140‑1 (MQ=11) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtgg < 2:728835/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:4768618/140‑1 (MQ=11) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 2:528957/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:213177/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:648965/140‑1 (MQ=11) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 2:1959779/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:5661832/140‑1 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:1422922/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:2911238/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:5525063/140‑1 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTGGGACGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATATGATTGCGGATTCGTATGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:5061190/140‑1 (MQ=11) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc > 1:2312946/1‑140 (MQ=14) ctctctCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc > 2:928311/1‑140 (MQ=14) ctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAATCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 2:6203810/140‑1 (MQ=14) ctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 1:2527165/140‑1 (MQ=14) ctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGATGATTTGATTGCGGTGTCGCTTGAGCGTTCAGGGCCTTGTGTAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTg > 1:1151681/1‑140 (MQ=11) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:2828955/140‑1 (MQ=14) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:1179558/140‑1 (MQ=14) ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 1:2569063/140‑1 (MQ=14) tcgcTGGAGCCGAACCTTAGTAGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:5815607/139‑1 (MQ=11) gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCCGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGACTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGCAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg > 2:2214825/1‑140 (MQ=14) cctcTCGAGCCGAACCTGTCTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATTGGCAGAATAATTTATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCTGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 1:2834709/137‑1 (MQ=11) gcTCTAGACGAACCTGTGTCGAAGCTTATCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTTATTGCGTATTAGCTTGAGATTTAATGGAATTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc < 2:1381666/140‑1 (MQ=11) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc > 2:557773/1‑140 (MQ=14) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:2995362/1‑140 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt > 1:3342271/1‑140 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAGATTTGATAGCGGATTCGCTTGAGAGATCAGGGACATGTGAAAGTGAAGGGGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcccg > 1:3128731/1‑139 (MQ=11) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:1802154/136‑1 (MQ=14) caCCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 1:2363563/139‑1 (MQ=14) aaCCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 1:1965998/140‑1 (MQ=11) ccttggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGATTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGtt < 2:15912/134‑1 (MQ=14) ccttggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGATTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGtt < 2:2369353/134‑1 (MQ=14) agtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGccg > 1:1575348/3‑139 (MQ=255) aaGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGc > 2:2532072/1‑140 (MQ=255) aGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTAAGAGCGGAGCGCATCGCCCGACGGGTCGGGGCGTGGGGCa > 1:5009896/1‑140 (MQ=14) gCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAAGTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCaa < 1:5988903/140‑1 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGct < 1:3930803/140‑1 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGct < 2:5904294/140‑1 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGct < 2:4619844/140‑1 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGct > 2:606348/1‑140 (MQ=255) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCACTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAAAGca > 1:1965323/1‑139 (MQ=11) cagccggccccGCTGGGGCAGAATATTTGATGGCGGATTCGTTTGAGTATTCCGGGGCTTATGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGctct < 2:3243708/133‑1 (MQ=14) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCGCGTCGGGTCGTTGCCGGGGGCAAAGCGCTCTCgg > 1:5819562/1‑139 (MQ=14) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGATGCCGGCCGCAACGCGCTCACGc > 1:3504260/1‑140 (MQ=14) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCACGcg > 1:4603044/1‑139 (MQ=14) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCGGCGAGCTTCGCCCATCGGGTCGATGCCTGTGCCTACGCACTCTCGcg > 1:3489176/1‑139 (MQ=14) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGCGCTTCGCCCATCGGGTCGTTGCCTGAGGCAAAGCTCTCTCggt > 1:4060974/1‑138 (MQ=11) ccccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGACTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCGTCGGGTCGTGGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTg > 2:509393/1‑140 (MQ=14) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTg > 1:6203950/1‑140 (MQ=255) cGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGTCGTTTCATGACGCAACGCGCTCTCGCAGAcc > 1:1563776/1‑139 (MQ=14) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 2:4831678/138‑1 (MQ=255) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 1:1776256/138‑1 (MQ=255) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 1:626976/138‑1 (MQ=255) ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAAGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc > 2:2897704/2‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 2:3556044/1‑140 (MQ=255) gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgt > 1:2080900/1‑139 (MQ=255) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgtc < 2:2828631/140‑3 (MQ=11) agaagttttGATTGCGGAGTCGTTTGAGCATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAGGGTGGTGGGGGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:1095249/134‑1 (MQ=14) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:5967578/140‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGACGGTGGTGGGGGATGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:2158681/140‑1 (MQ=255) aGAATATTAGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAGTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:4475209/140‑1 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa > 2:1151251/1‑140 (MQ=255) atgtgtGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGTGGGTGGTGGGGGAAGGTTTACTCAGCGCGGCGCGCGTCGCCGTTCGGGGCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGgtcgagtcgatg > 2:1193949/6‑138 (MQ=11) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGTTAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGGTGGCGCGCGAGTCGAACCttgg > 2:3311040/1‑138 (MQ=11) ttGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGNCTTTTGANAGTGAGGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACNCTCGAGCCGAACCTTAGTCg < 1:5629469/140‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGa > 2:6395472/1‑140 (MQ=14) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:1247502/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:6148949/140‑1 (MQ=255) gCGGATTAGTATGAGAATTCGTGTGATTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:4813800/140‑1 (MQ=11) gCGGAGTCGTTAGAGAATTCCGTGTCTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5255915/140‑1 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg > 1:3179084/1‑49 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGcc < 2:6430662/93‑1 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGcc > 1:6430663/1‑93 (MQ=255) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAATGAGTACTAAACGCAGCGCGCTAAGCCCAACGGGTCGTTGCAGGAGGACACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGACGCACCGTAGGCGAAGc > 2:3163620/1‑140 (MQ=9) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:3759878/140‑1 (MQ=255) tCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGATAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCCTGCGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGGTtct < 2:4781958/140‑1 (MQ=11) cgtttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtctc < 2:3946634/137‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:4212882/139‑1 (MQ=255) gtaTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCGTCTCAGCCtgc < 2:5166131/138‑3 (MQ=255) gaATTCCGTGGCTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 2:2269691/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:980204/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:5426599/140‑1 (MQ=255) tCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 2:3084925/140‑1 (MQ=37) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGNCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGTAGGTTCTCATCCTTCCCCGc > 1:5686368/1‑140 (MQ=255) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:3825832/140‑1 (MQ=37) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:4955343/140‑1 (MQ=25) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:4640991/140‑1 (MQ=25) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5839444/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5769169/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1516392/140‑1 (MQ=18) gCTTATGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5798472/140‑1 (MQ=18) gCTTATGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5198766/140‑1 (MQ=18) | CGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGG > NZ_CP025268/1292752‑1293030 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |