Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,292,982 | 0 | A | G | 45.4% | 88.6 / 223.6 | 192 | noncoding (55/132 nt) | CXP41_RS06835 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/76); new base G (46/38); total (77/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTG > NZ_CP025268/1292845‑1293112 | cGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTAAGCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGTCGTTTCATGACGCAACGCGCTCTCGCAGAcc > 1:1563776/1‑139 (MQ=14) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 1:3769614/138‑1 (MQ=255) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt > 2:6114837/3‑140 (MQ=255) cATGGGCAGAATCATAGATTGCGGCTTCGCTTGAGATTTCAGGGACTATTGAAAGAGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCt < 1:5925849/140‑1 (MQ=11) cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGgcgc > 2:3179992/1‑140 (MQ=11) ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAAGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc > 2:2897704/2‑140 (MQ=255) gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGa > 1:311400/1‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTATTCCTCGCATCGCACCTCAACCTTAGGGACCTTGCCTGTCGCAACGTTCTCTAGCTTTCGCTCGaa > 2:1118086/1‑139 (MQ=9) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAAGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg > 1:4073584/1‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGACGTTGCCTGAGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGaa > 1:6159291/1‑139 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 2:3556044/1‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTAAGAGCTGCGCGCTTCTCCCTTCGGGGCGTTGCCTGCGGCACCGGTCTCTCGCGGGCGCTCGAg > 2:5684597/1‑140 (MQ=11) gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgt > 1:2080900/1‑139 (MQ=255) gCAGAATATTTGAGTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 1:613112/140‑1 (MQ=255) cAGACTATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgtc < 2:1813412/140‑3 (MQ=11) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGATTTCAGGGACTTTTGAAATTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCCGCGCTGCGCGATTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgtc < 1:2279432/140‑3 (MQ=11) agaagttttGATTGCGGAGTCGTTTGAGCATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAGGGTGGT‑GGGGGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:1095249/134‑1 (MQ=14) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:5967578/140‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGACGGTGGT‑GGGGGATGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:2158681/140‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTTCGCTCGTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGATCTCTCGCTTTCGCTCGaatcg > 2:3035828/1‑136 (MQ=11) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa > 2:1151251/1‑140 (MQ=255) atgtgtGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGTGGGTGGT‑GGGGGAAGGTTTACTCAGCGCGGCGCGCGTCGCCGTTCGGGGCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGgtcgagtcgatg > 2:1193949/6‑138 (MQ=11) ttGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCCTCAGCGCTGCGAGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTAGCGGGCGCGCGAGGCGTACCtgg > 2:689734/1‑138 (MQ=14) tGATTGCGGATTCACTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAACGCTCGATCGCTGGCGCACGAGTCGAACCttgg > 1:5649876/1‑138 (MQ=11) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:5805455/140‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGa > 2:6395472/1‑140 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa > 1:2565412/1‑140 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTGGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:4761852/140‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:1247502/140‑1 (MQ=255) gCGGAGTCGTTAGAGAATTCCGTGTCTTTTGCAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5255915/140‑1 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg > 2:950358/1‑140 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGATCTCTCGCTGACGCTCGAAACGAACCTTAGTCGAAg > 2:3877047/1‑140 (MQ=14) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAATGAGTACTAAACGCAGCGCGCTAAGCCCAACGGGTCGTTGCAGGAGGACACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGACGCACCGTAGGCGAAGc > 2:3163620/1‑140 (MQ=9) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:3759878/140‑1 (MQ=255) tCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGATAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGCCGTTGCCTGCGGCAACGGTCTCTCGCTGTCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGGTtct < 2:4781958/140‑1 (MQ=11) cgtttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtctc < 2:3946634/137‑1 (MQ=255) tttGAGTATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:5197258/139‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:1006850/139‑1 (MQ=255) tGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATcc < 2:1400384/140‑1 (MQ=255) gaATTCCGGGGCTTTTGCAAGGGATGGGGTT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCACCGCACTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTc < 2:236827/140‑1 (MQ=14) gaATTCCGGGGCTTTTGACAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 2:4035738/140‑1 (MQ=255) aTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTccc < 1:2131618/140‑1 (MQ=38) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGNCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGTAGGTTCTCATCCTTCCCCGc > 1:5686368/1‑140 (MQ=255) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 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gCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5769169/140‑1 (MQ=18) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:4893719/140‑1 (MQ=17) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:4098139/140‑1 (MQ=17) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:2153171/140‑1 (MQ=17) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:928311/140‑1 (MQ=17) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:4514657/140‑1 (MQ=17) ttttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGCATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:5820732/140‑1 (MQ=17) ttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:950358/140‑1 (MQ=17) ttGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:1786549/140‑1 (MQ=17) ggt‑ggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc > 2:4363237/1‑103 (MQ=17) aGGATTACTCAGCGCTTCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCATGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCAACAGACGAAACTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTACCCCGCAGGGGCCGCATAATTAATTGCTGATTCGTTgg > 2:6164366/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgg > 2:5436141/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAAGGGCAGAATATTTAATTTCGGATTCGTTgg > 1:6344766/1‑140 (MQ=11) gttgaCTCAGCGGTGCTCGCTGCTCCCTTCGGCTAGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGa < 1:6263547/136‑1 (MQ=11) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGa < 2:4863129/140‑1 (MQ=255) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCGTGGTCGAAGCGTCTCATCCGTCCCCGCCGGGGGAGTATATTTTATTGGGGATTCGTTGGGa > 1:3715518/1‑140 (MQ=11) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCGGGGCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGACTCGAACCTTGGTCGAAGCTACTCAACCGTCCCCGCAAGGGCAGAATATTTAATAGCGCACTCGTTgggc > 2:5463887/1‑139 (MQ=11) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc > 2:5025125/1‑97 (MQ=18) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:5025125/97‑1 (MQ=18) aGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAgg > 2:6045231/1‑140 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 1:4380931/140‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 1:592280/140‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 1:1151753/140‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 1:1151251/140‑1 (MQ=255) cgcgGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCCCCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGACGGTCAgggg > 2:4383167/1‑139 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTAATTTCTGATTCGTTGGGAAGTTCAggta > 2:5927629/1‑138 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTAGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCATCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAGTAGTTGGGACGTTCAGGGa > 2:4169723/1‑140 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCACGCGGTCGCTCGAGCCCAACCGTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCATGGGCAGAAAATTTAAATGCGGATTCGTTGGGGAGTTCAGGGa > 1:4632573/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt < 2:3573034/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTAATACTTACCCGCATGGGGAGAATATTTAATTTCGGTTTAGTTGGGTAGTTGAGGGACtttt > 2:156858/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGcc < 1:2307108/58‑1 (MQ=35) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCATGGTCGAAGCTTCTAATACTTCCCCCCCAGGGCCGAATATTTAATTGCGGGTTAGTTGGGGAGTTAAGGGTCgttt > 1:1396766/1‑140 (MQ=2) cgcgcTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAATCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAAGATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTGAGGGACgttg > 2:2276291/1‑139 (MQ=11) cTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGaaa < 1:4116683/140‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg < 2:5161751/140‑1 (MQ=14) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCTAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 1:3491136‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 2:4580992‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 2:2733618‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGACGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 1:2919564‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCGGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGTTAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 2:6262981‑M1/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCTAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAATGTGATG < 1:5469896‑M1/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATG < 2:4343137‑M1/140‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATG < 2:5498270‑M1/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT < 1:5198043‑M1/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT < 1:2457576‑M1/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCGCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCCGAATATTTGATTGCGGATTCGGTGGGTAGTTCAGGGAGATTTGGAAGTGAtggtggt > 2:2477582/1‑140 (MQ=11) cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGG < 1:1327620‑M1/140‑1 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcga < 1:3869638‑M1/140‑4 (MQ=255) ctctctCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGACGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAGGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttc > 2:2215983‑M1/1‑131 (MQ=255) ctctctCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttc > 1:2709541‑M1/1‑131 (MQ=255) ctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAGTTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcga > 2:6283784‑M1/1‑129 (MQ=255) | CGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTG > NZ_CP025268/1292845‑1293112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |