Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 570,494 | A→G | *184* (TAA→TAG) | ybcL → | Raf kinase inhibitor‑like protein YbcL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 570,494 | 0 | A | G | 99.7% | 1112.6 / NA | 318 | *184* (TAA→TAG) | ybcL | Raf kinase inhibitor‑like protein YbcL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (89/228); minor base T (0/1); total (89/229) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAAGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTAT > NZ_CP025268/570357‑570628 | tACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAggg > 2:1357797/1‑140 (MQ=255) tACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAggg < 2:2043871/140‑1 (MQ=255) tACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAggg < 2:4174609/140‑1 (MQ=255) tACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAggg < 1:2010707/140‑1 (MQ=255) tACCAGTTTAAAGTAGGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAggg < 2:2184574/140‑1 (MQ=255) aCCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGt < 2:708775/140‑1 (MQ=255) aCCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGt < 2:3463609/140‑1 (MQ=255) aCCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGt < 2:5438097/140‑1 (MQ=255) cAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGTAGCGTTAGTTGGTTATTTGCTTAATGCTAATATAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTga < 1:2105574/140‑1 (MQ=255) cAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTga < 1:5538176/140‑1 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aaTCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGc < 1:4764109/140‑1 (MQ=255) aaTCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGc < 1:994740/140‑1 (MQ=255) aCCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCttt < 1:6044483/140‑1 (MQ=255) agaTAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAg < 1:4793275/116‑1 (MQ=255) agaTAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAg > 2:4793275/1‑116 (MQ=255) cacCAGTTTATGAGAAAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAAATTAAAGATCGAATAAATACGGATGCAAAAAAATCATGAGATACATAGGGTTCAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGt > 2:571766/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGgaaaga < 1:3385001/140‑1 (MQ=255) tGAGATAAAGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGgaaaga < 2:1835261/140‑1 (MQ=255) aaGTAGGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTAt < 2:1975122/140‑1 (MQ=255) | TACCAGTTTAAAGTATGGGCTCTAAAAACTGAAAAGATTCCTGTAGATTCTAACTCCAGCGGAGCGTTAGTTGGTTATATGCTTAATGCTAATAAAATCGCAACCGCTGAGATAACACCAGTTTATGAGATAAAGTAAGGTGAGAGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTAT > NZ_CP025268/570357‑570628 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |