| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.5% | 1488.2 / NA | 426 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (229/195); minor base A (0/2); total (229/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581068‑581337 | cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTc > 2:2489298/1‑140 (MQ=255) tGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGa < 2:28490/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:485955/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:3105822/140‑1 (MQ=255) 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1:5344986/140‑1 (MQ=255) agcaCGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAAt > 1:1651231/1‑140 (MQ=255) cGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCttt > 1:936228/1‑140 (MQ=255) aaGCAAGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGtt < 2:180301/140‑1 (MQ=255) aGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa > 1:5113235/1‑140 (MQ=255) aGAACATGCTGCGG‑TTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCGTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTATGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa > 2:2257211/1‑140 (MQ=255) 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1:3270878/135‑1 (MQ=255) gttggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAAAGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTg > 1:1143511/5‑140 (MQ=255) tggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGAt < 1:3766216/138‑1 (MQ=255) | AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑TT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581068‑581337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |