Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 95,839 | A→G | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) |
murF → mraY → |
UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 95,839 | 0 | A | G | 99.7% | 1335.3 / NA | 383 | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) | murF mraY | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (201/181); minor base T (0/1); total (201/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 | tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGAGTGCTGAGCAACAGGTACTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggct < 2:3580637/140‑1 (MQ=255) aaaaCTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggctg > 1:4860577/1‑140 (MQ=255) aCTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGcc < 2:3176854/140‑1 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCACCAGGTAATTACGATGTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACa > 1:6268125/1‑140 (MQ=255) tAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCACCAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAtt < 2:1930836/140‑1 (MQ=255) tAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAtt < 2:720429/140‑1 (MQ=255) tAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAtt < 1:5577080/140‑1 (MQ=255) aTTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTg > 2:4629604/1‑140 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:1754013/140‑1 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 1:460822/140‑1 (MQ=255) gcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCaa > 1:6111685/1‑140 (MQ=255) gcgTCTTAAATTAATGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGATTGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCaa > 1:5654295/1‑140 (MQ=255) gcgTCTTAAAATACTGATTGCAGAGCAACAGGGAAAGACGCTTGTAGTTAAGGGTTCACGGAGTGCCGCCATGGAAGAGGTCGTACGCGCGTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTGTGGCTGGCCGAACATTTGGACaa > 2:851788/1‑140 (MQ=255) tCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTCGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACCTGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAata > 2:1469870/1‑140 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCTACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGGTTGACAGGCTAATGGTAAATGTTTGTTTGGCTGGCCGATCATGTGGTGATAtatt > 2:6175600/1‑140 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAtatt > 1:6379868/1‑140 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAtatt > 2:2721569/1‑140 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAtatt > 1:3643394/1‑140 (MQ=255) aaaaaTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAtatt > 2:4777264/3‑140 (MQ=255) tGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATATTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGAACGCGCTGTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTGAGGCTGGCCGAACATGTGGTCAAATATAAGTCCGGCt > 2:5654389/1‑140 (MQ=255) agtGCTGAGCAACAGGTACTTACGAGTTTAGGTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATGTGGTCAAAGATTATTCCGGCttt > 2:1879759/3‑140 (MQ=255) aTTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCttt < 1:2620821/140‑1 (MQ=255) aTTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCttt > 2:4292521/1‑140 (MQ=255) aTTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCttt < 1:940974/140‑1 (MQ=255) ttGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTa < 1:2497060/140‑1 (MQ=255) ttGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTa < 2:3224840/140‑1 (MQ=255) tGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTATTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTaa > 1:4281888/1‑140 (MQ=255) tGCTGAGCAACAGGTAATAACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTaa > 2:4419243/1‑140 (MQ=255) tGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGt < 2:1295827/140‑1 (MQ=255) aGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCt > 1:4757901/1‑140 (MQ=255) gCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACCTGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCtt > 1:1649028/1‑140 (MQ=255) ggTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:2417915/108‑1 (MQ=255) ggTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc > 1:2417915/1‑108 (MQ=255) ggTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTa > 1:1741896/1‑140 (MQ=255) aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCt > 1:2561551/1‑140 (MQ=255) ttttAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTc < 1:3998909/140‑1 (MQ=255) ttttAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTc > 2:4794800/1‑140 (MQ=255) tAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTcgcg < 1:2253159/140‑1 (MQ=255) gTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGcc > 1:926551/1‑140 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gccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg < 2:2336648/140‑1 (MQ=255) ccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCgcgc > 1:3557427/1‑140 (MQ=255) ccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCgcgc > 1:1154015/1‑140 (MQ=255) gAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACCTTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCGGTTc > 1:3135022/1‑140 (MQ=255) gAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTc > 1:5886225/1‑140 (MQ=255) aaGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCa < 1:3810523/140‑1 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(MQ=255) tGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTAATTGTGGATGGGCCCGCGTATGAt > 1:395635/1‑140 (MQ=255) tGGGACAGGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGAt > 1:1843758/1‑140 (MQ=255) tGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAt > 1:2328507/1‑140 (MQ=255) | TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |