| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,080,834 | T→C | T75A (ACG→GCG) | rutA ← | pyrimidine utilization protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,080,834 | 0 | T | C | 99.7% | 981.8 / NA | 282 | T75A (ACG→GCG) | rutA | pyrimidine utilization protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (80/201); minor base A (1/0); total (81/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CAGCCAGTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGTCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTATT > NZ_CP025268/1080698‑1080969 | cagccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAg < 2:2559459/140‑1 (MQ=255)cagccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAg < 1:394096/140‑1 (MQ=255)cagccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAg < 1:2403875/140‑1 (MQ=255) ccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGTCGTTAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc < 2:44678/140‑1 (MQ=255) ccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc < 2:5283019/140‑1 (MQ=255) ccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc < 2:4784133/140‑1 (MQ=255) ccagTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc < 2:354269/140‑1 (MQ=255) agTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCg < 1:1998179/140‑1 (MQ=255) agTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCg < 1:2527371/140‑1 (MQ=255) cACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCa < 2:1814731/140‑1 (MQ=255) cACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCa < 1:1156401/140‑1 (MQ=255) aCGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCAt < 1:4390719/140‑1 (MQ=255) cGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATc < 1:5489908/140‑1 (MQ=255) cGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATc < 1:2646074/140‑1 (MQ=255) gAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCa < 2:483778/140‑1 (MQ=255) gACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc < 2:1119160/126‑1 (MQ=255) gACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGccc > 1:1119160/1‑126 (MQ=255) gACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGa < 1:4964063/140‑1 (MQ=255) ccGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGAAGCGGCCAGACGGGCCACGATCGCCTGAGGTAACCATAAGGAGTCAGCAGAGCCGTAAATCAGAAAGCCCGATGTCACGGCCCCCACCCCCGCCATCAACGTGac < 2:806274/139‑2 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCTGCCGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCAGGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTTaa < 1:2224651/140‑1 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGaa < 2:5719903/140‑1 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGaa < 2:5599849/140‑1 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGaa < 2:392749/140‑1 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGaa < 2:3082465/140‑1 (MQ=255) aCGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGaa < 2:2264333/140‑1 (MQ=255) gCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACg < 1:5228243/140‑1 (MQ=255) aaccgcccgccAGCGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATGGCCGGAGGAAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCCTCAAGGTGAACGACTc < 2:5955272/137‑1 (MQ=255) aaaCGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTc < 2:63745/140‑1 (MQ=255) aaaCGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTc > 2:2132697/1‑140 (MQ=255) cgcccgccAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAg < 2:2524805/140‑1 (MQ=255) cccgccAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGt < 1:2161804/140‑1 (MQ=255) ccgccAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGtt > 1:4655860/1‑140 (MQ=255) gccAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTtgt < 1:1381710/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gaTTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGtt < 1:178135/140‑1 (MQ=255) gaTTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGtt < 2:4069761/140‑1 (MQ=255) gaTTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGtt < 2:2270014/140‑1 (MQ=255) ccGGAGGTAACTTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGatc < 1:3144685/140‑1 (MQ=255) ccGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGatc < 2:4801318/140‑1 (MQ=255) ggTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGCCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGa < 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2:1520714/1‑140 (MQ=255) gccgccAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTAtt < 1:6380922/140‑1 (MQ=255) gccgccAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTAtt < 2:3563191/140‑1 (MQ=255) gccgccAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTAtt < 2:2868965/140‑1 (MQ=255) gccgccAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTAtt < 1:4982902/140‑1 (MQ=255) | CAGCCAGTCACGAGGTTGACGCCAAAACGCCCGCCAGAGATGGAGTCGATGGTTGCGGCCATACGGGCGACGATTGCCGGAGGTAACGTTAAGGTGGCAGCAGTGGCGTAAATCTGAATGCGCGAGGTCACGGCCGTCAGCCCCGCCATCAAGGTGAACGACTCAAGGTTGTGATCCCAGAACTCAGTTTTGCCGCCAAAGCCACGCAGTTTGATCATCGACAGGGCGAAATCGAAATGGTAGTGCTCCGCTTTTTGCACAATGGCTTTATT > NZ_CP025268/1080698‑1080969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |