| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 115,492 | C→T | V22M (GTG→ATG) | hofC ← | protein transport protein HofC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 115,492 | 0 | C | T | 99.5% | 1415.3 / NA | 364 | V22M (GTG→ATG) | hofC | protein transport protein HofC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (207/154); minor base A (1/1); total (209/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
CAGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCACCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGTTTTC > NZ_CP025268/115355‑115628 | cAGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCAtcc < 1:3832952/140‑1 (MQ=255) aGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCAtccc < 2:1185048/140‑1 (MQ=255) cgcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCg < 1:1783342/140‑1 (MQ=255) gcTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGc < 2:237471/140‑1 (MQ=255) tcGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTatgccat > 1:155213/1‑140 (MQ=255) tcGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTatgccat > 1:1584173/1‑140 (MQ=255) gCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTatgccatgc < 1:6412398/140‑1 (MQ=255) cTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAgc < 2:5319318/140‑1 (MQ=255) tGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAgcg > 2:2166748/1‑140 (MQ=255) gcgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAgcgc < 1:1105585/140‑1 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTACAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 2:1252815/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:5152195/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:1562844/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:5373672/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:2463478/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 1:82184/1‑140 (MQ=255) cgcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCAACTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGcc > 2:1397915/1‑140 (MQ=255) gcAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCa < 1:3218159/140‑1 (MQ=255) aGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCaga < 2:5990404/140‑1 (MQ=255) tGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGc > 1:1690157/1‑140 (MQ=255) gATTCGCGTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTCCGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCg > 2:1213215/1‑140 (MQ=255) ttCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGcc < 1:1659803/140‑1 (MQ=255) ttCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGcc > 2:3278042/1‑140 (MQ=255) ttCGCTTCAGGCTGAGTGGGGTACCCATCGGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGGAAAGTACGGCTCTCTGCCCCTAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGcc > 2:1710609/1‑140 (MQ=255) cGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCAt < 2:3579020/140‑1 (MQ=255) cGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCAt < 2:417094/140‑1 (MQ=255) cTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGc < 1:3274639/140‑1 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tCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTaa < 1:4783186/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTATCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTaa < 1:72513/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAAc < 2:4007597/140‑1 (MQ=255) tGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAAct > 2:3093991/1‑140 (MQ=255) gTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAActc > 1:501727/1‑140 (MQ=255) cTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCa > 1:2123942/1‑140 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ccATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAggtggt > 2:5616557/1‑140 (MQ=255) ccATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAggtggt > 2:823172/1‑140 (MQ=255) ccATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAggtggt > 1:2439162/1‑140 (MQ=255) aTAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTa > 2:2956698/1‑140 (MQ=255) aGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACNCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGc > 1:5674572/1‑140 (MQ=255) aGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGc > 2:2795647/1‑140 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ctctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 1:4829516/1‑140 (MQ=255) ctctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 2:1061239/1‑140 (MQ=255) ctctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGACGGTTATGCCATGCACGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGACTTGCTCTACGGCCa > 2:4475021/1‑140 (MQ=255) ctccctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCa > 1:4504521/1‑140 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCCGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGAGTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAgg > 2:3547303/1‑140 (MQ=255) ctctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCCgg > 1:2630241/1‑140 (MQ=255) tctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCCGGc > 1:1292868/1‑140 (MQ=255) tctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGc > 2:3445750/1‑140 (MQ=255) tctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGc > 1:4173243/1‑140 (MQ=255) tctGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGc > 1:1391708/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 1:3116409/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 1:3663528/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 1:506460/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGACATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAg > 2:5020935/1‑140 (MQ=255) tGCCCATAGCATCCCATATTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACTCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGTCAg > 2:1855201/1‑140 (MQ=255) aTAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGtt > 1:2755125/1‑140 (MQ=255) aTAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGtt > 2:1773278/1‑140 (MQ=255) tAGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGttt > 1:5775297/1‑140 (MQ=255) aGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCCGCCGtttt > 1:4337875/1‑140 (MQ=255) aGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGTCGtttt > 1:2188218/1‑140 (MQ=255) aGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGtttt > 1:4029038/1‑140 (MQ=255) aGCATCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGttgt > 2:1644808/1‑138 (MQ=255) | CAGTTGATGAATGACTTCCGCGCTTTTATCTCCTCGCCACTGCGCAGAATTGATGGCGATTCGCTTCAGGCTTAGTGGGGTAACCATCTGTTGCTGTAGTGCCATAAGCAGTAAAGTACGGCTCTCTGCCCATAGCACCCCATCTTGCGCATTGCCGTCGCCGGTTATGCCATGCCAGCGCCAGAGTTGCTTACTCGCCATGCGGCATCCCCAGTACGCGGATTAACTCTTCAAAGGTGGTTAAGCCTTGCTCTACGGCCAGGCAGCCGTTTTC > NZ_CP025268/115355‑115628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |