| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,371,754 | T→C | *326* (TAA→TAG) | pspF ← | phage shock protein operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,371,754 | 0 | T | C | 99.4% | 1224.6 / NA | 355 | *326* (TAA→TAG) | pspF | phage shock protein operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (203/150); minor base G (2/0); total (205/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
CGCTGAGCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGTTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTGAAACT > NZ_CP025268/1371621‑1371890 | gAGCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGt < 1:1121436/140‑1 (MQ=255) gAGCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGt < 1:2861835/140‑1 (MQ=255) gAGCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGt < 1:2607538/140‑1 (MQ=255) gAGCGATTAAGCGCCCAACGCAATACTGGCTGATGCGCGGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGCCGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAACTTGTATTGCTCAACTTCGCTACATCTGGt < 2:1920544/140‑1 (MQ=255) gCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGc > 1:1333066/1‑140 (MQ=255) gCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGc > 2:3624211/1‑140 (MQ=255) gCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGc > 1:2175172/1‑140 (MQ=255) aGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTcaac > 2:3303379/1‑140 (MQ=255) gCCCAACGCAATACTGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCACGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTcaaca < 2:5996164/140‑1 (MQ=255) cccAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTcaacaa > 1:6334914/1‑140 (MQ=255) cccAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTcaacaa > 1:5539378/1‑140 (MQ=255) aaCGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgc > 1:4377503/1‑140 (MQ=255) aCGCAATATTGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcg < 2:1332212/140‑1 (MQ=255) aCGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcg < 2:5626333/140‑1 (MQ=255) aCGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcg < 1:4595590/140‑1 (MQ=255) aCGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcg < 1:5963604/140‑1 (MQ=255) aCGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcg < 2:1033032/140‑1 (MQ=255) cGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAAGTTCGCTCAAGCGGGGGCTTTTTCAACAAcgcgc > 2:4610050/1‑140 (MQ=255) cGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcgc > 2:3923517/1‑140 (MQ=255) gCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAAcgcgcg > 1:6169958/1‑140 (MQ=255) ctcatGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTCTTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTGGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGaa < 2:1821687/137‑1 (MQ=255) ataatGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTAGGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGaa < 1:3600728/140‑1 (MQ=255) taatGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAAc < 2:5395978/140‑1 (MQ=255) taatGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAAc > 1:4786795/1‑140 (MQ=255) tCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACtgatg > 2:6318887/1‑140 (MQ=255) tCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACtgatg > 1:1032174/1‑140 (MQ=255) tCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACtgatg < 1:910483/140‑1 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(MQ=255) tAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCa < 2:2088901/140‑1 (MQ=255) aaaaGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTCGTGCATTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCa < 2:5197900/139‑1 (MQ=255) aGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGCTCAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCGTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAAc > 2:4390118/1‑140 (MQ=255) aGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAAc > 2:5162890/1‑140 (MQ=255) ttCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAg > 1:2776098/1‑140 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGt > 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cATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCaa > 1:5229209/1‑140 (MQ=255) tCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAAct < 1:583462/140‑1 (MQ=255) tATTGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCctgct < 1:1794679/140‑1 (MQ=255) tATTGCGCAAGTTCGCTAGATGTGGTGCTTGGTCAGCAACGCGCGGAACTGATGAGAAGTTTACCCCAGTCGGTCAGCCGCGCGCTGCTGGTTTTATTTCACTGGTTGCTAACTGTGGTGCTGCACGTCTGTTTCgtgcg > 2:4120044/1‑139 (MQ=255) ttGCTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTGCTGGTTATAGTTCAATTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTGTTTCCtgctgc > 2:6373517/1‑140 (MQ=255) cTCATCTTCGCTATATCTGGTGCTTTTTCATCTACGCGCGGAACTGATGCTATGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCGGGTTAGATTTCCCTTGTTGCATACTGAGTTGCAGCAACTCTGTTTCCTGCTGCATc > 2:3752715/1‑140 (MQ=255) cTCAACTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATc > 1:5180604/1‑140 (MQ=255) caccTTCGCTAAATCGGGTGCATTTTAAATAACGCGCGGAACTTCAGCTCAGTTACCCCCAGTAATACACCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTg < 1:4170381/137‑1 (MQ=255) cTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTGaaa > 2:3498915/1‑140 (MQ=255) cTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTGaaa < 1:2681069/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTGaaa > 1:609072/1‑140 (MQ=255) | CGCTGAGCGATTAATAGCCCAACGCAATAATGTCTGATGCGCTGCGCTTATCAGGCCTGCAAACGACGTATTGATTATGTATGCCGAATAAAGCATTCACGCCGCATCCGGCAAGTTGTATTGCTCAACTTCGTTAAATCTGGTGCTTTTTCAACAACGCGCGGAACTGATGATAAGTTAACCCCAGTAATTCAGCCGCGCGCTTCTGGTTATATTTCCCTTGTTGCAAACTGAGTTGCAGCAACTCTTTTTCCTGCTGCATCTGAAACT > NZ_CP025268/1371621‑1371890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |