Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,518,287 | C→T | P218S (CCC→TCC) | ydcT → | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,518,287 | 0 | C | T | 99.5% | 1698.6 / NA | 435 | P218S (CCC→TCC) | ydcT | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (186/247); minor base A (2/0); total (188/247) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
AGATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518150‑1518422 | gATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATtccc < 2:5614470/140‑1 (MQ=255) gATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATtccc < 1:1670236/140‑1 (MQ=255) gCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgc > 1:5432704/1‑140 (MQ=255) cAGCTGGATCTGAAAATACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGAGTTTTGGATTTCCTATCGTGTGGCGTTTTTCAATATTTGACGCATTGAGCAGGTCGTTTCCCcgcg < 2:813239/140‑1 (MQ=255) 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1:3179560/1‑140 (MQ=255) ttCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACggg < 2:1052875/140‑1 (MQ=255) aatGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTCTATGCGCCCGCGCCCGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCtt < 1:1926040/140‑1 (MQ=255) tGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCg > 2:265544/1‑140 (MQ=255) gACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGcc > 2:4509342/1‑140 (MQ=255) gACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGcc > 1:3103435/1‑140 (MQ=255) cGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGNGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGNGAAGCTTCGCCCt < 1:5642795/140‑1 (MQ=255) gCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTg < 2:4135790/140‑1 (MQ=255) cagtGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGc < 2:2188418/137‑1 (MQ=255) cATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGc < 1:2221746/140‑1 (MQ=255) aTTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCg > 1:4340867/1‑140 (MQ=255) tgggCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc > 1:5858292/4‑140 (MQ=255) tGAGCATGTCGATTCCCCGCGCGTTCTCTTTATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGTATGTTTTTGATGGACTTATGGCAGATAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 2:5018447/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:1012255/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:4955724/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:3712086/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGAGTCCCCGCGCGCTCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 2:1690216/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGAGTCCCCGCGCGATCTCTTTATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 2:5924929/140‑1 (MQ=255) aGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCg > 1:4215959/1‑140 (MQ=255) aGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCg > 1:4829264/1‑140 (MQ=255) aGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCAGTTTGTTGCCTGTTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCTCCCTGCGACCGGaa < 2:3946849/140‑1 (MQ=255) cGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACata < 1:3641199/140‑1 (MQ=255) | AGATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518150‑1518422 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |