| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,643,849 | T→C | *166* (TAA→TAG) | rzpQ ← | DUF2514 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,643,849 | 0 | T | C | 98.4% | 432.4 / NA | 129 | *166* (TAA→TAG) | rzpQ | DUF2514 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (100/26); minor base G (2/0); total (103/26) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTTATTAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCTTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCATTC > NZ_CP025268/1643712‑1643985 | atttattAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCCTa > 1:963974/1‑140 (MQ=255) tttattAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCCTAc > 1:4410945/1‑140 (MQ=255) tttattAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTAAATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCCTAc > 2:3033357/1‑140 (MQ=255) taataaAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGACGAGTCCTGTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCCTACATTTg > 1:5821428/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGATTTAATATTACCCTACATATGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATAACTCCGCGCATg > 2:4988750/1‑140 (MQ=255) gATTTAATATTACCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGtt > 2:5540361/1‑140 (MQ=255) tAATATTACCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTg < 1:1107450/140‑1 (MQ=255) atatTACCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCAGAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGAGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGAATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGAATGTTGGTGAg > 2:2006486/1‑140 (MQ=255) aCCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCATTc < 2:2294185/140‑1 (MQ=255) aCCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCATTc > 2:15795/1‑140 (MQ=255) aCCCTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCATTc > 1:2647795/1‑140 (MQ=255) | ATTTATTAATAAAACGTGTCATTCTGATTAAGACCTTTTATCTTACCCTTAAGATTTCAGGAATTTTGGCTCATGGAAGAGTCCTTTTTATTTAAATTTTACATTCCGCGATGTAAATGTTCCGATTTAATATTACCTTACATTTGATGCTTTTTATCTCTTAAAGATTCATAGATCTGTTGACAAGTCACTCCTGCGATGTAGCGTTCGTCAGCAATTTCAGCATAAAGCTGAGCTTCTGCTGCAATATCTCCGAGCATGTTGGTGAGCATTC > NZ_CP025268/1643712‑1643985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |