Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,193,631 | T→C | A439A (GCA→GCG) | yehB ← | fimbrial biogenesis outer membrane usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,193,631 | 0 | T | C | 99.6% | 873.4 / NA | 251 | A439A (GCA→GCG) | yehB | fimbrial biogenesis outer membrane usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (133/117); minor base A (0/1); total (133/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCTGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTG > NZ_CP025268/2193494‑2193767 | tttttGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGc < 2:3952642/140‑1 (MQ=255) gtccAAAATCGGTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATATACATCGTTTTAATCACGGCGATAATTATCTTTATTGATTGCCCAAACTTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCa > 2:1399702/3‑140 (MQ=255) ggCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCa > 1:2304419/1‑140 (MQ=255) aaaTCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAAcg < 2:4820098/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gaATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGc < 2:1493270/140‑1 (MQ=255) aaTAACGCCAGGACGCCAGACCAAAACGAGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCACTTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCa > 2:1228716/1‑140 (MQ=255) ctcaCGCCCGGCCGCCCGCCCACACCGCGTCGACGTTTGGCTCTCAAATTTGTGGTAGGCAATTTGATAACTGTGCCCGACAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTGACTATGCGACTTATTGGCATCGACTGAAAGGGCAc < 2:6067235/137‑1 (MQ=255) tAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCAcc < 2:2143400/140‑1 (MQ=255) tAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCAcc < 1:3130498/140‑1 (MQ=255) tAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCAcc < 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TTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCTGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTG > NZ_CP025268/2193494‑2193767 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |