Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,843,404 | A→T | intergenic (‑120/‑140) | ascG ← / → ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,843,404 | 0 | A | T | 98.4% | 1126.3 / NA | 305 | intergenic (‑120/‑140) | ascG/ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (161/139); minor base G (1/4); total (162/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAA > NZ_CP025268/2843268‑2843538 | tCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTGTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTAGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATATAAAATGAACAATTCa < 2:1613179/140‑1 (MQ=255) cAGCATCGTCGACATCATTTTCATCCCTTTCCACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATGGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 2:2438171/140‑1 (MQ=255) gCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCActct < 1:5076088/140‑1 (MQ=255) cgtcgtCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTg > 2:1178560/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |