| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,998,678 | T→C | *410* (TAA→TAG) | CXP41_RS15650 ← | IS3‑like element IS2 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,998,678 | 0 | T | C | 99.3% | 1481.2 / NA | 434 | *410* (TAA→TAG) | CXP41_RS15650 | IS3‑like element IS2 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (251/180); minor base A (3/0); total (254/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 434 total aligned reads displayed.
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> 2:1833352/1‑140 (MQ=255) ttAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGt > 2:2385345/1‑140 (MQ=255) aGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTa < 1:2189076/140‑1 (MQ=255) gTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTAt > 2:1038129/1‑140 (MQ=255) aTCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt < 2:5393142/140‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTAGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACtt > 2:1155202/1‑140 (MQ=255) 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1:3628304/1‑140 (MQ=255) aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCg < 2:900957/140‑1 (MQ=255) aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTGTAGTGGATTTGCCCCTCGCTTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATCCCCCAGCGCACTATGCGGATGcccggcg > 2:2266330/1‑135 (MQ=14) aaTGGAAGTAAATTCCAAGTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCg < 2:6296476/140‑1 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAAt > 1:3006169/1‑140 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAAt > 1:1774855/1‑140 (MQ=255) gTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCATAAATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCAAAATGAGGATGCCATTCGTTCTAAt > 1:3819416/1‑140 (MQ=14) ccAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 1:939765/140‑1 (MQ=38) tGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCct < 1:3152854/140‑1 (MQ=18) tGTTGATTGGATGTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCAGTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCct < 2:5923689/140‑1 (MQ=255) gTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCctc > 2:2176991/1‑140 (MQ=18) | AGCTGATAAATAATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGC > NZ_CP025268/2998541‑2998803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |