| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,038,677 | T→C | *578* (TAA→TAG) | recJ ← | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,038,677 | 0 | T | C | 99.7% | 1343.2 / NA | 385 | *578* (TAA→TAG) | recJ | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (244/139); minor base A (1/0); total (246/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 | ccgtaGGTCCTCACTGCGATGATTTACCGGAGTAATTTCCAACATCGTCTGATTTCATAGATGGAGCTAGTCAAAATGCGCTGATAAGAGCGGGATGGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTaac < 2:5741036/136‑2 (MQ=255) aGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGTATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTATTTTTTATAGAGAAGATTACGCTAAATTgg < 1:6443212/140‑1 (MQ=255) ggTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGc < 2:3289876/140‑1 (MQ=255) tCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCa > 1:2526000/1‑140 (MQ=255) 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aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:4282942/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:1178552/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:3596274/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:4415511/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:2926977/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:2481433/1‑140 (MQ=255) agaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaaa < 2:3442895/140‑1 (MQ=255) gaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCTATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTGATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaaat > 2:2572423/1‑139 (MQ=255) gACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCa > 2:1632518/1‑140 (MQ=255) gACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCa > 2:169909/1‑140 (MQ=255) aCGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCaa < 1:5207864/140‑1 (MQ=255) | TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |