Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,081,156 | C→T | S3N (AGC→AAC) | cmtA ← | PTS mannitol transporter subunit IICB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,081,156 | 0 | C | T | 99.1% | 1266.3 / NA | 335 | S3N (AGC→AAC) | cmtA | PTS mannitol transporter subunit IICB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (111/220); minor base A (0/3); total (112/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
AATGTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081019‑3081291 | ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:1337836/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 1:15376/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAACAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 2:6429023/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 1:3511497/140‑1 (MQ=255) 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ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCTGACTTGTTTTCCTTAATATTATCCTGTAGAGgaga < 1:5618165/140‑1 (MQ=255) ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga < 1:2959345/140‑1 (MQ=255) aataaataACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgagaga < 2:759872/140‑1 (MQ=255) ataaataaCGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGagagag < 1:2022350/140‑1 (MQ=255) aataaCGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTaa < 1:903931/140‑1 (MQ=255) cGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATc > 1:4114005/1‑140 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1:4652029/140‑1 (MQ=255) aGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCcgc < 1:4738097/140‑1 (MQ=255) taataaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGATAGTAATTATCCGCgg > 2:1104921/1‑140 (MQ=255) taataaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCgg < 1:4962534/140‑1 (MQ=255) taataaAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCgg < 1:3313996/140‑1 (MQ=255) ccAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGTGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGt > 1:4477369/1‑140 (MQ=255) ccAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTaa < 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ggCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCg < 1:14665/140‑1 (MQ=255) cACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTCGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGtttt > 2:3803891/1‑140 (MQ=255) cACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTGGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGtttt > 1:976772/1‑140 (MQ=255) aCCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGttttt > 2:2934265/1‑140 (MQ=255) aCCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGttttt > 1:2355273/1‑140 (MQ=255) ccAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 2:5762615/86‑1 (MQ=255) ccAATATGGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTc < 1:395917/140‑1 (MQ=255) atatTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCtga < 2:2832863/140‑1 (MQ=255) atTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAGGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCtgatg < 2:1942852/140‑1 (MQ=255) atTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCtgatg < 1:5950196/140‑1 (MQ=255) tGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTgatgat < 2:5644225/140‑1 (MQ=255) ggggATGACCATTGCAGTCAAAACGCCCCCACAAGCCTGGACCTTGGCACGAGCAGACTTGTTTTCCAGAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATGATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGatgatg < 2:6181681/140‑1 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gCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCAGAATATTATCCTGGAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGca < 2:4989454/140‑1 (MQ=255) gCCGGGACCTTTGCTCTTGCAGACTTGTTTTCCATAATATTCTCATTGAGCGGAGAGAGTAATTATCCGCCGCTGCTAATGTCCGCTAAGTGTTTTTCTGTTGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGcc < 2:6383587/140‑2 (MQ=255) aCCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTaa < 2:1720178/140‑1 (MQ=255) cTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAAtt < 2:4132151/140‑1 (MQ=255) ttGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGCAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCa > 2:4161057/1‑140 (MQ=255) tGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTctc > 2:865780/1‑138 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1:1728069/140‑1 (MQ=255) gCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGc > 1:1611579/1‑140 (MQ=255) cTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGaa < 1:4294588/140‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGaa < 1:319328/140‑1 (MQ=255) | AATGTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081019‑3081291 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |