| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,546,251 | A→G | *228* (TAA→TAG) | gntX → | DNA utilization protein GntX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,546,251 | 0 | A | G | 99.0% | 1334.7 / ‑5.6 | 386 | *228* (TAA→TAG) | gntX | DNA utilization protein GntX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (153/229); minor base T (0/4); total (153/233) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
TTGCCCGTGCAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAAAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGAAGAAGGGACACAAATCCG > NZ_CP025268/3546114‑3546386 | gtGCCCGCGCCAGGTCGCCATAGGGGGATTCTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGGCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTATTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGGGCCTTTGTCGAACCTTGTagag < 2:5016171/139‑1 (MQ=255) cccGTGCAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCt > 2:766578/1‑140 (MQ=255) cccGTGCAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCt > 2:5681649/1‑140 (MQ=255) tGCAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCgat > 1:94424/1‑140 (MQ=255) cAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCgatga < 1:4094212/140‑1 (MQ=255) cAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCgatga < 2:4493106/140‑1 (MQ=255) cAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCgatga < 2:2969234/140‑1 (MQ=255) cAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGGCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCgatga < 2:2405898/140‑1 (MQ=255) aaGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTAGCACCGGAAGTACCGTCGCATAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTTGAGCCTCgatgat < 2:5189867/140‑1 (MQ=255) gTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATggg < 2:4108077/140‑1 (MQ=255) gTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATggg < 1:2435776/140‑1 (MQ=255) gTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATggg < 1:233138/140‑1 (MQ=255) gTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATggg < 1:1003630/140‑1 (MQ=255) gTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCGTGTAGAGCCTCGATGATggg > 1:1786014/1‑140 (MQ=255) tCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGc < 2:4003715/140‑1 (MQ=255) tCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGc < 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gTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAAc > 1:2487989/1‑140 (MQ=255) tGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAAcc < 1:744817/140‑1 (MQ=255) tGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAAcc < 1:3024162/140‑1 (MQ=255) tGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAAcc < 2:3314770/140‑1 (MQ=255) gATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCa > 1:872596/1‑140 (MQ=255) aTTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCaa > 2:2785094/1‑140 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tgTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTc < 1:2262779/140‑1 (MQ=255) tgTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTc > 2:2649848/1‑140 (MQ=255) tgTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTc < 1:3214684/140‑1 (MQ=255) tgTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTc < 2:511264/140‑1 (MQ=255) gTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCa > 2:3009568/1‑140 (MQ=255) tACCACCGGACGTACCGTCGCAGAGAGTGCGCAGTGGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGACTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGAGGGGCGTATTATAACCACCTAAAATAGTCAACTAt < 2:2704560/140‑1 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2:4930062/140‑1 (MQ=255) ggcggcTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGACAACTATTAGGCCCTTACTAGGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCaaa < 2:3163614/140‑1 (MQ=255) cggcTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAAct > 2:1627989/1‑140 (MQ=255) tGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAActgctg > 2:4461446/1‑140 (MQ=255) ggTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAAt < 1:279797/140‑1 (MQ=255) gTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATc > 2:4806501/1‑140 (MQ=255) cTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAg > 1:4280680/1‑140 (MQ=255) ggTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTNGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGga < 1:5671874/140‑1 (MQ=255) gTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGgaa > 1:4418340/1‑140 (MQ=255) gTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGgaa > 1:4157388/1‑140 (MQ=255) gTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGgaa > 1:2957777/1‑140 (MQ=255) gTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGgaa > 2:661547/1‑140 (MQ=255) gTGCCTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGgaa > 1:5319366/1‑140 (MQ=255) cTTTGTCGAACCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGaagaag < 1:4830146/140‑1 (MQ=255) caCCTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCAGGACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGAAGAAGGGACACaa < 2:1214261/139‑1 (MQ=255) ccTTGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGAAGAAGGGACACAAAt < 1:4480252/140‑1 (MQ=255) tGTAGAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGAAGAAGGGACACAAATCcg > 1:4658113/1‑140 (MQ=255) | TTGCCCGTGCAAGGTCGCCATATGGTGATTGTGGATGATGTCGTTACCACCGGAAGTACCGTCGCAGAGATTGCGCAGTTGCTTTTACGCAATGGTGCGGCGGCTGTCCAGGTCTGGTGCCTTTGTCGAACCTTGTAAAGCCTCGATGATGGGCGTATTATAACCAACTAAAATAGTCAACTATTAGGCCATTACTATGATCCGTATTTCCGATGCTGCACAAGCGCACTTTGCCAAACTGCTGGCAAATCAGGAAGAAGGGACACAAATCCG > NZ_CP025268/3546114‑3546386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |