Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 4,139,151 | G→A | S143S (AGC→AGT) | yijF ← | DUF1287 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 4,139,151 | 0 | G | A | 99.7% | 1476.1 / NA | 383 | S143S (AGC→AGT) | yijF | DUF1287 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (274/108); minor base C (1/0); total (275/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 | cttcttCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTg < 1:5404541/140‑1 (MQ=255) cttcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTgggg < 1:2815737/140‑1 (MQ=255) tcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGtt > 1:3004788/1‑140 (MQ=255) tcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGtt > 2:2450331/1‑140 (MQ=255) tGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCtt > 2:5491229/1‑140 (MQ=255) tGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCtt > 1:3590874/1‑140 (MQ=255) gcgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATCTGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTg < 2:949520/140‑1 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:6094255/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 2:5198941/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:1205234/1‑140 (MQ=255) gcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCt < 1:1837619/140‑1 (MQ=255) cgcCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTgggg > 2:4462431/1‑140 (MQ=255) cgcCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTgggg < 2:4555921/140‑1 (MQ=255) cgcCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTgggg < 1:3696870/140‑1 (MQ=255) gcCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGc < 1:1382592/140‑1 (MQ=255) gcCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACAGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCACAATATGTTCCAGCCCTTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGc < 2:3745972/140‑1 (MQ=255) ccAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCg < 2:2882379/140‑1 (MQ=255) aTGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTAt > 2:139241/1‑140 (MQ=255) tGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATc > 1:4810919/1‑140 (MQ=255) aTCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATg < 2:1082347/140‑1 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:2579502/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:1606368/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:4418614/1‑140 (MQ=255) ccAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATCGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcgg > 2:341092/1‑140 (MQ=255) ccAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcgg > 1:2687319/1‑140 (MQ=255) ccAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcgg > 1:4503387/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa > 2:2216874/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa > 1:3048184/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa > 1:2155204/1‑140 (MQ=255) gcggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTa > 1:4198864/1‑140 (MQ=255) cggcgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTaa > 1:3356122/1‑140 (MQ=255) cgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAAcc > 1:1158934/1‑140 (MQ=255) cgTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCGGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAAcc > 1:2896313/1‑140 (MQ=255) gTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAAAATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAAAAGCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTAGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCa > 2:6256433/1‑140 (MQ=255) aCCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAgg > 1:1522474/1‑140 (MQ=255) gTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTTCCAGCCCTTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGttt < 1:3150367/140‑1 (MQ=255) tCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTc < 2:1751546/140‑1 (MQ=255) tCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTc > 2:6091877/1‑140 (MQ=255) gcgGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCa > 1:6154345/1‑140 (MQ=255) cgGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAg > 1:3283914/1‑140 (MQ=255) cgGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAg < 1:2231891/140‑1 (MQ=255) cgGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAg > 2:1432640/1‑140 (MQ=255) ggCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCATTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGAt > 2:6423669/1‑140 (MQ=255) aaGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAgg < 2:879855/140‑1 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ccccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCg > 1:680900/1‑140 (MQ=255) ccccAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTGGATCGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCg > 2:4708988/1‑140 (MQ=255) ccccAATATGAGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACACTATCGCACGATTGAAAGACACTGGAGTTCATGCTTGAGGGGCGGGTTATAACAAGGCGTCTAAACCAGGATTCAAGATTAGGCACACGACGGTGATCg > 2:2747077/1‑140 (MQ=255) aaTATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGt > 1:5174170/1‑140 (MQ=255) atatGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGtt > 2:1533201/1‑140 (MQ=255) atatGTGCCAGCCCGCTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGtt > 2:78567/1‑140 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(MQ=255) cccGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGgc > 1:1404129/1‑140 (MQ=255) gTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCt > 1:3485491/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACCATATCGCCCGCTTGATCGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt > 2:3874325/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt > 1:3969814/1‑140 (MQ=255) ttATCCAGACGCCAGTAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTGCTTGCTGTTGGGGCGTGTTTTATCTTGGCGGAAAAACCAGGTTTCCAGATTCGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCtt < 2:1270397/140‑1 (MQ=255) gTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTc > 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(MQ=255) cccGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTATCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACATCCATTTTTGCGGGTACTCAGc > 2:3679824/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 2:5818515/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 2:4281390/1‑140 (MQ=255) cTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaaa < 1:3933512/140‑1 (MQ=255) cTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaaa > 2:1603408/1‑140 (MQ=255) | TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |