Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,505,921 | A→G | intergenic (‑557/‑52) | insG ← / → nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,505,921 | 0 | A | G | 99.2% | 441.3 / NA | 129 | intergenic (‑557/‑52) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (54/74); minor base T (1/0); total (55/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGAT > NZ_CP025268/4505786‑4506053 | tATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc > 1:4625966/1‑140 (MQ=255) tCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCt > 1:332929/1‑140 (MQ=255) tCAGATTTATCTTTAATATAGTGAAATATGTTAAGAAGTAATGGAGTAAAAGATTGTACTGTTTAGTTATTGATATCAAACAATAGTACTGGCTTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCACt < 2:5735607/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAat > 2:1180869/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |